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三芳基吡啶酮类新型冠状病毒3CL 蛋白酶抑制剂构效关系研究及分子设计

2022-08-03张继川何严萍王月平

云南大学学报(自然科学版) 2022年4期
关键词:区域模型

张继川,何严萍,王月平**

(1.昆明理工大学 理学院 应用化学系,云南 昆明 650500;2.云南大学 教育部自然资源药物化学重点实验室,化学科学与工程学院,云南 昆明 650091)

新冠肺炎(COVID-19)是在2019 年底由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)所导致的在全球流行的传染病[1],对人类健康及公共安全造成极大危害.截止2021 年9 月,全球累计感染人数已超过2 亿,死亡人数已达450 万[2].虽然目前已有多种疫苗上市,但是病毒的变异使得疫苗有效性降低,且依然有相当一部分人口未能接种疫苗[3].因此,研发针对新冠病毒的药物依然迫在眉睫.

SARS-CoV-2 病毒属于套式病毒目冠状病毒科的正链RNA 病毒[4].病毒基因组编码的主要蛋白质有复制酶多聚蛋白pp1a 和pp1b,类木瓜蛋白酶(PLpro),3CL 蛋白酶和S、E、M、N 结构蛋白[5].其中,多聚蛋白被类木瓜蛋白酶和3CL 蛋白酶水解,裁剪出16 个病毒所需的功能蛋白(如RNA 依赖的RNA 聚合酶,解旋酶等),只有在这些功能蛋白的参与下,病毒才能进行转录与复制[6].因此,3CL 蛋白酶对多聚蛋白的成熟起主要作用,是病毒复制与繁殖的关键酶[7].同时,尚未发现3CL 蛋白酶的人类同源蛋白,这使得它成为抗SARS-CoV-2病毒药物的重要靶点[8].

3CL 蛋白酶为半胱氨酸蛋白酶,其催化活性中心由半胱氨酸(Cys145)和组氨酸(His41) 二联体构成.其中,Cys145 为亲核进攻基团,His41 则为酸-碱催化残基[9].基于3CL 酶的催化作用机理,现已设计并发现多种肽类和拟肽类3CL 蛋白酶抑制剂[10],此类抑制剂通常含有一个亲电反应基团,如:醛基[11],卤甲基酮基[12],α-酮酰胺[8],Michael 受体[7],氰基[13]等,它们能和Cys145 残基中的S 原子共价……

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