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m6A甲基化修饰在风湿病中的研究

2022-07-22万磊刘健黄传兵赵磊孙广瀚朱子衡李舒马熙檬胡赛赛李方泽程静陈莹莹LIZheng

风湿病与关节炎 2022年6期
关键词:风湿病关节炎

万磊 刘健 黄传兵 赵磊 孙广瀚 朱子衡 李舒 马熙檬 胡赛赛 李方泽 程静 陈莹莹 LI Zheng

【摘 要】 风湿病发病机制目前尚不明确,N6-甲基腺苷(m6A)甲基化修饰可能参与风湿病发生、发展过程。m6A甲基化通过甲基转移酶、去甲基化酶、阅读蛋白调节器识别和结合m6A位点,使m6A修饰的RNA发挥特定作用。m6A甲基化通过对免疫系统的影响,调控免疫细胞参与风湿病的过程,从而参与风湿病的修饰作用。探讨m6A甲基化修饰与风湿病之间的关联,以期为风湿病领域的未来诊治提供方向。

【关键词】 风湿病;N6-甲基腺苷;甲基化修饰;免疫细胞;关节炎

N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物mRNA中最常见的内部修饰,RNA甲基化除了揭示修饰过程外,相关研究还探索RNA甲基化与各种疾病发生、发展的关系[1-3]。m6A甲基化修饰有3类调节器,甲基转移酶(MTC),负责催化;去甲基化酶(Demethylase),负责去除甲基化;阅读蛋白(Binding Proteins),直接识别和结合m6A位点,使m6A修饰的RNA发挥特定的作用。m6A甲基化与多种疾病尤其是风湿病的发生、发展密切相关[4]。本文将从描述m6A甲基化的具体机制及其与免疫反应之间的联系,在现有研究基础上提出m6A甲基化修饰与风湿病发病机制之间的关联,讨论风湿病领域的未来诊治发展方向。

1 m6A甲基化酶

1.1 m6A甲基转移酶 m6A甲基转移酶促进m6A对RNA的甲基化修饰,其编码基因被称为Writers。m6A甲基转移酶包括METTL3、METTL14和Wilms肿瘤1相关蛋白(WTAP)。在m6A的甲基转移酶中,METTL3具有重要的功能。METTL3功能包括mRNA前体剪接、核输出、翻译调控、mRNA降解和miRNA加工等[5]。METTL14能稳定METTL3并识别靶RNA[6-7]。METTL14和METTL3的结合在一定程度上促进了METTL3对m6A的识别。METTL3是唯一具有体外催化活性的亚基。全长多肽甲基化与METTL3和METTL14催化碱位点的点突变密切相关。METTL3和METTL14之间存在广泛的作用,这对于稳定2个结构域的结构以及结构域间的协调十分重要。WTAP参与细胞周期的调节、细胞增殖和细胞凋亡。研究表明,WTAP与肿瘤细胞的恶性度有关,在病变组织中明显变化,并引起细胞的迁移能力增加[8-9]。说明WTAP在增殖和侵袭能力中起着至关重要的作用[10-11]。

1.2 m6A去甲基化酶 m6A去甲基化酶称为Erasers,它是RNA中去除m6A甲基化基团。m6A去甲基化酶包括FTO和ALKHB5等。FTO通过抑制RNA剪接因子(SRSF2)在剪接位点的结合控制mRNA剪接[12]。然而,当FTO被识别为RNA脱甲基酶时,发现它具有控制生物过程各个方面的作用。FTO能在某些肿瘤细胞的增殖和凋亡以及葡萄糖和脂质代谢中起作用[13-14]。FTO还可以作用于炎症免疫细胞,抑制炎症细胞因子的释放,缓解炎症性疾病如关节炎的发生[15]。ALKBH5是另外一种m6A去甲基化酶,在许多恶性肿瘤中调节转录修饰并维持mRNA稳定性[16]。ALKBH5主要参与m6A的去甲基化修饰,并在mRNA成核和其他代谢过程中发挥作用。m6A修饰的功能涉及调节环状RNA、长链非编码RNA(lncRNA)以影响疾病的发展[17]。

1.3 m6A甲基化阅读器 阅读器通过与RNA中的m6A甲基化位点结合发挥特定作用,其编码基因被称为阅读器。在人类基因组中有5种含有YTH结构域的蛋白质:YTHDC1、YTHDC2、YTHDF1、YTMDF2和YTHDF3。YTHDC1通过与YTHDC2结合促进RNA降解。YTHDC1位于细胞核中,而YTHDC2和YTHDF2位于细胞质中。YTHDC1影响细胞中pre-mRNA转录物的加工,并直接影响母细胞的成熟[18]。YTHDC2选择性地与m6A的共有基序结合。YTHDC2的高表达可能提高了其靶标的翻译效率。YTHDF1不仅参与mRNA翻译,其直接靶向YTHDF1或与某些癌细胞中的翻译起始因子结合,而且还参与新抗原特异性免疫。YTHDF2使某些生物过程中的关键基因转录物不稳定。此外,YTHDF2敲除导致肺癌细胞增生[19]。某些信号通路和m6A修饰之间的功能性存在联系[20-22]。YTHDF3通过lncRNA、GAS5和YTHDF3之间的负反馈环识别m6A修饰的GAS5诱导GAS5衰变。

2 m6A甲基化对免疫系统的影响

2.1 影响炎症性巨噬细胞极化 巨噬细胞作为天然免疫的重要组成部分,可分为M1型巨噬细胞和M2型巨噬细胞。M1、M2型巨噬细胞的表型调节各种生理和病理过程。巨噬细胞中METTL3介导的m6A甲基化可能成为治疗炎症性疾病的潜在抗炎靶点。研究表明,m6A甲基转移酶METTL3促进M1巨噬细胞极化,从而发挥促炎作用[23]。METTL3直接甲基化STAT1的mRNA,STAT1是启动促炎性巨噬细胞的关键转录因子,并增强mRNA的稳定性,上调STAT1表达和促进M1巨噬细胞极化。METTL3在氧化低密度脂蛋白诱导的单核细胞炎症中发挥作用。在人单核细胞中,m6A甲基转移酶METTL3和阅读蛋白YTHDF2共同影响上皮细胞-间充质转化、线粒体形态,从而增强单核-巨噬细胞表达[24-25]。研究发现,巨噬细胞经LPS刺激后YTHDF2表达水平上调。YTHDF2的敲除有助于mRNA促炎因子水平的下调[26]。因此,m6A甲基化修饰在预防炎症反应中的功能,为免疫炎症性疾病提供了一个潜在的治疗靶点。

2.2 影响免疫性T细胞稳态 m6A对免疫性T细胞的稳态和分化稳定性有显著影响。研究发现,如果T细胞中缺乏m6A甲基转移酶METTL3,则T细胞的稳态很容易被破坏[27]。在稳定状态下检测METTL3敲除小鼠的免疫细胞发现,在脾脏和淋巴结中发现异常T细胞,并且淋巴结中幼稚T细胞数量增加。m6A甲基化修饰在T细胞分化中起重要作用。在非小细胞肺癌中,CD8+ T细胞和METTL3依赖于YTHDC1参与其甲基化修饰的过程。辅助T细胞(Th)1和Th17细胞在METTL3缺陷的初始T细胞中减少,Th2细胞增加,而调节性T细胞保持不变[28-29]。m6A介导的关键转录本降解也在T细胞稳态和白细胞介素(IL)-7誘导分化的控制中发挥作用[30]。

2.3 影响其他免疫应答和调控 树突状细胞(DC)是一种特殊的抗原呈递细胞(APC)。研究表明,在抑制m6A修饰后,DC活化和促进CD4+ T细胞增殖的功能下降[31]。在DC成熟期间,METTL3催化CD40、CD80和TIRAP中的m6A,通过增加翻译效率和促进T细胞活化的功能促进DC活化。m6A在天然免疫应答和免疫调控中起着重要的作用。DC中YTHDF1的缺失增强了体内肿瘤抗原的呈递和CD8+ T细胞的交叉增殖[32]。YTHDF1区分DC中m6A相关mRNA表达。m6A标记的mRNAs和YTHDF1之间的结合促进溶酶体蛋白酶的翻译,从而抑制吞噬的肿瘤新抗原的呈递。m6A甲基化修饰过程是一种新的免疫应答和调控机制。

3 m6A甲基化修饰在风湿病中的作用

m6A甲基化修饰可参与类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)、骨关节炎(osteoarthritis,OA)、系统性红斑狼疮(systemic lupus erythe-matosus,SLE)等疾病过程。m6A可能通过调节免疫系统对RA的发生和发展具有潜在影响作用。研究表明,m6A甲基化相关酶METTL14、FTO、ALKBH5、YTHDF1和YTHDF2蛋白在RA中表达升高[33]。且相关性分析显示,METTL3表达增加与CRP和ESR水平呈正相关。m6A还可能通过调节细胞因子参与RA相关疾病过程[34]。研究发现,采用m6A修饰的RNA免疫沉淀序列(m6A-seq)和RNA序列(RNA-seq)进行鉴定,在用肿瘤坏死因子-α刺激后,人RA成纤维细胞样滑膜细胞系MH7A中差异表达的m6A甲基化[35]。WTAP、RIPK2、JAK3和TNFRSF10A的验证与m6A和RNA测序结果一致。说明RNA甲基化修饰与RA相关基因之间的潜在关系。结果提示m6A修饰与RA的发生和病程有一定的相关性。

OA是以疼痛、僵硬和活动困难为特征的关节病[36]。OA涉及完整性、遗传易感性、局部炎症、机械力和其他细胞生化过程。关节软骨损傷可能导致退行性OA,其中涉及多种因素,包括对软骨各种成分的炎症反应。m6A甲基化修饰可参与OA过程。研究显示,用IL-1β处理OA软骨细胞后,METTL3 mRNA的丰度和m6A甲基化mRNA的比率总mRNA增强。METTL3的干扰降低了IL-1β诱导的细胞凋亡比例,抑制了IL-1β诱导的炎症细胞因子水平增加和软骨细胞中核转录因子-κB信号传导的激活[37]。METTL3的破坏通过降低OA基质金属蛋白酶-13和胶原蛋白的表达水平,以及提高蛋白聚糖和Coll Ⅱ的表达水平改善ECM破坏。因此,m6A可能通过调节细胞因子参与OA发生、发展过程。

LUO等[38]研究发现,在SLE患者中观察到MTEEL14、ALKBH5和YTHDF2的mRNA表达降低。METTL14 mRNA表达降低与白细胞计数和单核细胞计数相关,ALKBH5 mRNA表达降低与C反应蛋白、中性粒细胞百分比、淋巴细胞百分比、中性粒细胞-淋巴细胞比率、补体C3和发热,以及YTHDF2 mRNA表达的降低与淋巴细胞百分比、中性粒细胞-淋巴细胞比率、补体C3和发热有关。此外,SLE患者PBMC中METTL14、ALKBH5与YTHDF2的mRNA表达呈正相关。回归分析显示,YTHDF2 mRNA表达降低是SLE的危险因素。研究结果表明,与疾病活动相关的YTHDF2减少可能在SLE的发病机制中起重要作用,METTL14和ALKBH5可能同时减少。

LUO等[39]通过定量逆转录-聚合酶链反应测定外周血中m6A甲基转移酶(METTL3、MTEEL14和WTAP)、去甲基转移酶(FTO和ALKBH5)和阅读蛋白(YTHDF2)的mRNA水平,结果表明,SLE患者外周血中METTL3、WTAP、FTO、ALKBH5和YTHDF2的mRNA水平显著降低,ALKBH5 mRNA水平与抗ds-DNA抗体、抗核小体、皮疹和溃疡有关。此外,SLE患者中m6A甲基转移酶(METTL3和WTAP)、去甲基转移酶(FTO和ALKBH5)和阅读蛋白(YTHDF2)之间存在正相关。提示外周血ALKBH5 mRNA水平可能参与了SLE的发病机制。

综上所述,m6A甲基化修饰通过调控免疫细胞参与风湿病的过程。目前,已有研究提供了RNA甲基化与风湿病发病机制之间关系的证据。但是,m6A与疾病的相关性研究较少,缺乏深入的研究和分析。因此,m6A甲基化与风湿病之间的关系仍需进一步研究。

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收稿日期:2022-02-25;修回日期:2022-03-23

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