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富亮氨酸α2糖蛋白1在乳腺癌中的表达及其功能的生物信息学分析

2022-06-08张彦收刘运江

中国普通外科杂志 2022年5期
关键词:乳腺癌数据库分析

张彦收,刘运江

(河北医科大学第四医院乳腺中心,河北 石家庄 050011)

目前,乳腺癌已成为威胁女性健康最常见的恶性肿瘤之一,其发病率逐年上升。世界卫生组织国际癌症研究机构(international agency for research on cancer,IARC)发布的2020年全球最新癌症数据显示:乳腺癌新发病例226 万例,并已超过肺癌成为全球第一大癌症[1]。近年来,随着新型药物的开发和精准治疗的不断推进,乳腺癌的治疗已由传统经验模式过渡到基于不同分子分型的个体化精准治疗时代[2-3]。不断开发新的分子标志物和靶向治疗药物,可以更精准化地改善乳腺癌患者的预后。

富亮氨酸α2 糖蛋白1 (leucine-rich-alpha-2-glycoprotein1, LRG1) 是富亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat,LRR)蛋白家族成员,也是最早被发现的含有LRR 结构的蛋白。近些年研究显示LRG1 在肿瘤的发生、上皮间质转化、侵袭转移、异常血管生成、预后预测中扮演着重要角色[4-7]。然而,目前LRG1 在乳腺癌组织中表达与临床病理特征的关系、预后价值、分子功能和作用机制尚未阐明。本研究旨在通过生物信息学方法,明确LRG1 在乳腺癌中的表达特点及其与预后的关系,以期揭示LRG1 在乳腺癌发生发展中的作用,为进一步探索LRG1 的分子机制奠定基础。

1 材料与方法

1.1 数据采集

癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库(http://www.tcga.org)中包括乳腺癌组织及正常组织中RNA-seq 的测序结果[8]。利用UALCAN 在线工具(http://www.ualcan.path.uab.edu)[9]分析TCGA 数据库中LRG1 mRNA 的表达情况。

1.2 生存分析

利用 GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn)[10]、Kaplan-Meier plotter (http://kmplot.com/analysis)[11]平台获取TCGA 数据库中乳腺癌患者的临床特征及生存资料,分析LRG1 的表达与总生存期(overall survival,OS) 和无复发生存期(recurrence-free survival,RFS)之间的关系,并绘制Kaplan-Meier 曲线。

1.3 功能分析

利用GeneMANIA 数据库[12]绘制LRG1 相关的蛋白、遗传相互作用通路和蛋白共表达网络。……

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