1 株圆环病毒3 型美国毒株全基因组克隆与遗传演化分析
2022-01-13郝桂英陈瑛琪陈孝宇
郑 晶,郝桂英,谢 礼,安 微,杨 苗,陈瑛琪,张 婧,郑 巧,陈 溪,陈孝宇,林 华
(1.成都海关技术中心,四川省食品安全检测重点实验室,四川成都 610041;2.西昌学院动物科学学院,四川西昌 615013;3.大连海关技术中心,辽宁大连 116014;4.武汉海关技术中心,湖北武汉 430010)
猪圆环病毒(porcine circovirus,PCV)是一种小型、无囊膜、单股负链环状DNA 病毒[1],属于圆环病毒科、圆环病毒属[2],是已知最小的病毒之一。该病毒能在猪和其他动物中引起广泛疾病[3-4]。目前在已有报道中,根据抗原性和基因型的不同,其可分为PCV1[5]、PCV2[6]、PCV3[7]和PCV4[8]3 个血清型。PCV3 可引起猪的皮炎肾病综合征、繁殖障碍以及心脏和多系统的炎症反应。PCV3 感染后,患病母猪受孕率降低,流产率增加,可出现产死胎或木乃伊胎现象;患病仔猪出现多器官系统功能紊乱[9]。2016 年美国首次报道发现PCV3,随后波兰[10]、韩国[11]、中国[12]及意大利[13]等国家也相继报道。PCV3 在世界范围内迅速扩散,引起了各国高度重视和密切关注。
PCV3 全基因组长度约2 000 bp,包含11 个可能的开放阅读框(ORF1—ORF11)。其中有3 个主要的开放阅读框:ORF1 编码由297 个氨基酸(aa)组成的复制酶蛋白Rep,ORF2 编码由214 个aa 组成的衣壳蛋白Cap,ORF3 编码由231 个aa 组成的功能未知蛋白质[7]。目前,国际上尚无普遍公认的PCV3 亚型分类规则。大部分学者根据基因组DNA全长序列差异,将PCV3分为两个亚型(PCV3a和PCV3b)[14];也有学者根据Cap 蛋白存在的两个氨基酸突变(A24V 和R27K)不同,将PCV3分为3 个亚型(PCV3a、PCV3b 和PCV3c)[15-16]。根据现有流行病学报道,中国[17]、印度[18]、越南[19]、泰国[20]及美国[14]等主要流行PCV3a、PCV3b 两个亚型,其他国家或地区对PCV3 不同亚型的流行情况鲜有报道。本研究……
