案情简介：

1998年9月福建省某市原土地管理局①1998年，福建省的市级土地管理机构命名为土地管理局，因机构改革，2009年更名为国土资源局，2018年更名为自然资源局。（甲方）与某村村委会（乙方）、陈某（丙方）签订征用出让合同，合同内容约定陈某拥有某村一地块的使用权，用途为住宅用地。2007年，陈某在该地建设了一幢6层高的框架住宅楼。2009年底，该市国土资源局与甲公司签订成交确认书，甲公司竞得某地块。2010年，该市原国土资源局与甲公司签订国有建设用地使用权出让合同。2010年4月，甲公司就竞得的某地块申请办理土地权属的初始登记，并于2010年5月取得该地块的国有土地使用权证。

2018年10月，陈某向该市自然资源局申请不动产权证书②根据《不动产登记暂行条例》规定，自2015年3月1日起，停办集体土地使用证、国有土地证，统一发放不动产权证书。，该市自然资源局以陈某申请颁发证书的住宅用地与相邻甲公司的项目用地存在重叠为由，拒绝为陈某颁发不动产权证书。2018年底，陈某通过信访渠道，向该市人民政府反映了该问题。2019年1月该市自然资源局就此做出了处理意见，认定陈某申请颁发证书的地块在甲公司已申请办理国有土地使用权证的土地的范围内。2020年8月17日，经过协商后，甲公司出具书面声明，表明对部分重叠的土地使用权不持有异议，与陈某协商一致。2020年8月19日，陈某持该书面声明，再次向该市自然资源局申请办理不动产权属证书，但依然被拒。陈某遂向法院起诉该市自然资源局，请求法院判令注销涉案的甲公司持有的国有土地使用权证。……