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牛miR-2439-5p的转录因子-miRNA-mRNA调控网络预测与组织表达谱分析

2021-12-24魏大为王兴平罗仍卓么蔡小艳

中国农业大学学报 2021年12期
关键词:信号分析

刘 爽 魏大为 李 芬 王兴平 罗仍卓么 蔡小艳 马 云

(宁夏大学 农学院/宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,银川 750021)

随着人们生活水平的不断提高,高品质牛肉是人们消费的主导方向,其供不应求。在我国,牛肉的供应以黄牛为主,但是我国黄牛的肌内脂肪(Intramuscular fat, IMF)含量低,与国外优秀的品种相比,仍有很大差距。如何提高黄牛的肉品质,提高市场占有量,是我国畜牧业亟待解决的关键问题。

肌内脂肪是一种高遗传力性状[1],通过提高磷脂含量影响风味、提高保水能力影响多汁性、降低剪切力影响嫩度,决定了牛肉的品级和价格。肌内脂肪沉积是一个复杂的生物过程,每一步均受基因的精准调控,据统计有900多个基因调控肌内脂肪含量[2]。miRNA对肌内脂肪沉积起重要调控作用,研究其调控机制,有利于揭示产肉性状的分子机制,为肉牛遗传改良提供理论基础。

miRNA是物种进化的主要动力之一,miR-2439-5p在2009年首次被发现,并命名为牛特异性miRNA,但其功能未知[3]。先前的研究表明,内含子miRNA通常与它们的宿主基因一起转录,并且可以对其宿主基因发挥协同和拮抗的调节作用[4]。miR-2439-5p位于牛MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)基因的内含子区域,研究表明,MRTFA是决定祖细胞向脂肪细胞生成的关键因素之一,MRTFA基因的缺失增加了脂肪生成[5-6]。但miR-2439-5p是否反馈调节其宿主基因MRTFA,从而调控牛脂肪细胞分化的功能和作用机制尚不明确。

1 材料与方法

1.1 查询miR-2439-5p在牛基因组上的位置

根据NCBI数据库(https:∥www.ncbi.nlm.nih.gov/)提供的牛参考基因组序列(ARS-UCD1.2或bosTau9)和注释信息,查找miR-2439-5p在牛基因组上的位置。……

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