小反刍兽疫病毒芯片式数字PCR检测方法的建立及应用
2021-12-11杨鸣发马云云于志亚刘家森康洪涛曲连东
杨鸣发,马云云,于志亚,刘家森,康洪涛,姜 骞,曲连东
(1.中国农业科学院哈尔滨兽医研究所,兽医生物技术国家重点实验室/自然疫源性人畜共患病团队,黑龙江哈尔滨 150001;2.东北农业大学动物医学院,黑龙江哈尔滨 150030)
小反刍兽疫(peste des petits,PPR)是由副黏病毒科麻疹病毒属的小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus,PPRV)引起的一种急性烈性传染病,在我国和许多国家都有报道,可导致绵羊和山羊出现急性发热、眼鼻分泌物增多、口腔炎症、腹泻和肺炎等症状[1]。PPRV 基因组全长为15 948 nt,为不分节段的单股负链RNA 病毒,其6 种基因编码的8 种蛋白分别为N-P(C/V)-M-F-H-L。其中,N 蛋白为病毒核蛋白,是含量最高的编码蛋白,具有保护病毒RNA 免受核糖核酸酶I 破坏的功能,与RNA 结合作为病毒转录的模板[2]。PPRV于2007 年首次在我国被发现[3]。PPRV 宿主范围广,可感染包括山羊和绵羊在内的多种小反刍动物,野生动物亦可感染,骆驼和水牛也有被PPRV 感染的报道[4]。对于PPR 的诊断方法目前以病毒分离鉴定、中和试验及实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,RT-qPCR)为主。前两种方法所需时间较长,不适于PPR 的快速诊断,而RT-qPCR 具有敏感性高、特异性强、检测时间短、无须核酸电泳等优点,是传统PCR不能比拟的。相比于RT-qPCR,芯片式数字PCR(chip-based digital polymerase chain reaction,cdPCR)在单分子层面上的检测为绝对定量,可以彻底摆脱对标准曲线的依赖而直接给出靶序列的拷贝数,从而提高了试验结果在批内和批间的稳定性,甚至能用来对标准品进行定标。cdPCR 已经实现了高通量样品条件下的自动化操作,同时可以从大量样品中直接定量核酸,更适合复杂背景中的突变检测和高污染样品中的核酸定量,从而提高核酸检测的准确性和灵敏度[5-6]。……
