管凇 周汉林 徐铁山 孙卫平 胡海超

（中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所 571101）

生物信息学技术是现阶段筛选候选功能位点最有效的技术之一，因此实验研究中可利用该技术预测未知表型的nsSNPs的功能[1]。已知，现阶段研究人员利用各类生物信息分析工具对人类或动物表型和性状基因功能性突变进行了大量的分析和预测，且取得了突破性进展[2-6]。本试验主要通过利用生物信息学技术预测海南黑山羊GH1 基因编码区nsSNPs 的功能。旨在筛选可显著影响海南黑山羊生长的功能性突变位点，并分析该突变位点的作用机理，以期更好的理解黑山羊GH1 基因的作用机理，同时也对应用标记辅助选择改善山羊生长发育提供一定的参考。

1 材料和方法

1.1 样品采集和DNA 处理

海南黑山羊样品采自品资所山羊保种场山羊耳组织。对104 只成年山羊的体长、体高、体重进行测量。剪取耳组织，置于装有75%乙醇的离心管中，4℃保存。采用DNA 提取试剂盒提取耳组织总DNA，用紫外分光光度计检验每个样品DNA质量浓度。

1.2 引物设计

从NCBI 数据库中查询山羊GH1 和IGF2 基因DNA 序列（GenBank 登录号分别为：NC_030826 和NC_030836），根据单核苷酸多态性位点的序列信息，利用引物设计软件Primer Plex 2 设计引物，使用primer3plus 在线设计单碱基延伸引物，引物信息见表1。

表1 引物信息

1.3 SNP 位点的筛选和分型

对提取的DNA 基因组序列进行扩增，PCR 扩增反应总体积为10μL：5μL5×TaqPCRmastermix，上下游引物各0.5μL（20μmol/L），模板DNA1μL (20ng/ul），加ddH2O 至10μL。PCR 扩增程序：94℃预变性5min；45 个循环（94℃，20s；60℃，30s；72℃，30min）；72℃再延伸3min。将PCR 产物去除体系中游离的dNTPs，再进行单碱基延伸反应，反应体系总体积5μl。……