史良玉，王立刚，张鹏飞，莫家远，李 洋，王立贤，赵福平

(中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，农业部动物遗传育种与繁殖(家禽)重点实验室，北京 100193)

近交是将有亲缘关系的个体进行交配。在畜牧生产中，群体规模有限，近交难以避免。近交水平的增加会导致基因组中有害纯合子的增加，产生近交衰退，导致后代生产性能降低[1]。目前众多研究表明，在不同物种中，近交会影响动物的生产性能[1-3]，尤其是牛的繁殖性能[4-6]，但近交对猪繁殖性能影响的研究相对较少[7]。传统的近交系数计算方法是基于完整的系谱记录信息。随着基因组数据的不断涌现，从基因组层面能找到共同祖先传递下来的相同单倍型片段，即连续纯合基因型片段(runs of homozygosity, ROH)。根据ROH片段提供的遗传信息可以有效的估计出个体实现的近交系数，这为计算个体近交系数提供了新的途径[8]。另外，还可以利用ROH对每条染色体或某个染色体片段进行特定基因组区段的近交系数估计，并进一步估计其对近交衰退的影响程度。

本研究分别使用系谱、全基因组SNP标记和ROH计算个体的近交系数，并利用混合线性模型检测近交系数与加系和法系大白猪群体的总产仔数(total number of piglets born, TNB)的相互关系，从而评估近交衰退程度，并进一步定位导致大白猪总产仔数近交衰退具体的染色体区域，为基因组选种和选配提供参考。

1 材料与方法

1.1 试验材料

本研究选取上海某公司1 937头大白猪，其中1 039头 来自加系，898头来自法系，且两群体无亲缘关系。……