杨汶珊,唐荣叶,苏孟园,徐杰杰,王 涛,尹绍武

(1.南京师范大学海洋科学与工程学院,江苏 南京 210023) (2.江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心,江苏 南京 210023)

巨魾(Bagariusyarrelli)属于脊椎动物亚门(Vertebrate),硬骨鱼纲(Teleostei),鲇形目(Siluriformes),鮡科(Sisoridae),魾属(Bagarius). 巨魾的皮肤为棕栗色,身体呈流线形,头部宽大、略扁. 因肌肉呈黄色,俗称“面瓜鱼”“黄鱼”,个体可超过50 kg[1]. 巨魾在自然环境下,以摄食鱼虾和水生昆虫等为主,偶食植物碎屑;在人工驯养条件下,仅摄食动物饵料[2]. 此外,巨魾肉质风味独特,深受云南各地人民的喜爱. 目前,云南省水产研究所等单位已成功地对巨魾进行了人工繁殖[3].

微卫星又称简单序列重复(simple sequence repeats,SSRs),是指以1～6 bp核苷酸为基本重复单位组成的重复序列,在自然界的各种生物基因组中均有分布[4]. 微卫星因具有易于检测、多态信息含量高、高效稳定、分布广泛等优点,已被广泛应用于鱼类种群遗传多样性分析[5-6]、遗传育种[7]、亲子鉴定[8]等研究中.

目前巨魾全基因组已完成测序,Scaffold N50=3 129 371 bp,Contig N50=1 854 961 bp,并于2019年在线公布,但还未见巨魾基因组水平上微卫星相关的研究报道. 本研究通过对巨魾全基因组中的微卫星进行筛选,统计其所含不同类型的微卫星的数量、丰度、密度等数据,分析其分布特征及组成情况,为今后开发巨魾高质量的微卫星标记奠定一定的基础.

1 材料和方法

1.1 材料

巨魾全基因组从NCBI数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Bagarius+yarrelli)下载,该基因组序列总大小约为570 Mb,下载的巨魾全基因组所有序列均以FASTA文件格式保存.

1.2 方法

利用微卫星筛……