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人肺上皮细胞抗新型冠状病毒感染的基因组学研究

2021-10-14王少薇杨钰萌解昕轶李俊杰张荣强

西安交通大学学报(医学版) 2021年5期
关键词:分析研究

王少薇,杨钰萌,解昕轶,李俊杰,张荣强

(1.陕西中医药大学第二临床医学院,陕西咸阳 712046;2.陕西中医药大学公共卫生学院,陕西咸阳 712046)

新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)是由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致,可通过呼吸道飞沫和气溶胶途径传播,人群普遍易感,传播速度较快[1]。根据流行病学调查研究发现,COVID-19传播途径较多,疫情有可能会发生第二次的暴发,因此抗击新冠疫情并未取得全面胜利,仍需严防。

临床实践表明,COVID-19重型患者多在发病1周后,因病毒侵入人体肺上皮细胞,出现胸闷、呼吸困难等症状,甚至进展为急性呼吸窘迫综合征。另有研究表明,SARS-CoV-2感染肺泡上皮2型细胞(AT2s),导致肺损伤和气体交换障碍[2]。病理学研究发现,COVID-19患者肺部主要为弥漫性肺损伤(diffuse alveolar damage,DAD),且仅在肺部发现了SARS-CoV-2核酸阳性[3]。由此表明,SARS-CoV-2在侵入人体后,最易并持续损害肺组织上皮细胞,保护COVID-19患者的肺组织是首要任务。但目前对于SARS-CoV-2侵及肺组织的致病机制尚不明确,需要进行更加深入的研究。因此,大数据背景下针对SARS-CoV-2最先侵入的肺上皮细胞中差异表达基因的基因组学研究具有重要意义。

本研究采用GEO公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)的数据集GSE160435,筛选肺上皮细胞感染SARS-CoV-2的差异表达基因,通过富集分析诠释其生物学功能,利用Network Analyst在线软件建立蛋白互作网络(protein-protein interactions network,PPI)等,探讨SARS-CoV-2感染对肺上皮细胞的潜在影响机制,为制定预防、诊断和治疗措施提供新思路。

1 资料与方法

1.1 资料来源以“COVID-19”为关键词检索GEO Datasets公共数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)获得由Yao、Mulay和Stripp提交更新的数据集GSE160435。该数据集由……

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