Hsa-miR-98-5p/DKK3信号轴对乳腺癌细胞生物学行为的影响
2021-10-10李冠乔杨时平苏慧銮
姚 嘉,李冠乔,杨时平,苏慧銮
1.海南省人民医院乳腺外科,海南 海口 570311;
2.海南省人民医院放疗科,海南 海口 570311;
3.海南省人民医院肾内科,海南 海口 570311
乳腺癌是发生于女性的常见癌症,美国每年有25万多例新发病例和4万多例死亡病例[1-2]。目前,手术切除、化疗或放疗仍然是乳腺癌的主要治疗方法[3]。然而,这些治疗方法不能有效地抑制乳腺癌的转移,这被认为是乳腺癌患者死亡的主要原因[4-5]。此外,许多患者确诊时已为癌症晚期,这在很大程度上限制了这种疾病的治疗[6]。因此,了解乳腺癌进展的机制至关重要。最近,高通量测序技术和生物信息学分析方法已经确定了许多与癌症进展相关的异常表达蛋白编码基因和非编码基因[7-9]。
微小RNA(micro RNA,miRNA)是含有18~22个核苷酸的非编码小分子RNA,其可以通过靶向信使RNA(messenger RNA,mRNA)进行切割或抑制翻译进而导致其同源靶基因的沉默[10]。miRNA具有促癌或抑癌的作用。miRNA在正常组织和肿瘤组织中的表达谱非常不同,并且miRNA与特定的临床生物学特征相关[11]。miRNA表达谱分析已经用来揭示人类乳腺癌中特有的miRNA的特征。应用miRNA微阵列技术研究[12]发现,人miR-99a可抑制乳腺癌的进展,miR-99a在乳腺肿瘤组织中的表达与癌旁正常组织相比表达下调。
本研究计划从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获取测序数据,进而构建乳腺癌中miRNA-mRNA调控网络。通过对miRNA靶点的分析,构建与乳腺癌进展相关的miRNA-Hub mRNA网络,最终进行相应的实验验证。
1 材料和方法
1.1 数据下载及差异miRNAs的筛选
从TCGA数据库下载乳腺癌相关miRNA测序数据,使用R语言中的DEM Limma包鉴定癌组织和正常组织间的差异miRNA。……
