基于重测序鉴定SbHKT 基因在陆地棉基因组中的插入位点
2021-09-14徐鹏郭琪徐珍珍孟珊陈天子沈新莲
棉花学报 2021年4期
徐鹏,郭琪,徐珍珍,孟珊,陈天子,沈新莲
(江苏省农业科学院经济作物研究所/农业部长江下游棉花与油菜重点实验室,南京 210014)
目前,转基因作物在许多国家和地区已经被批准种植、加工和出口。 为了确保消费者健康和环境安全,在进入市场之前,必须强制性地对转基因作物进行安全评估[1]。 转基因作物的安全性评估从分子特征开始, 然后才是转基因与非转基因作物之间的表型和农艺性状的评估。 分子特征包括外源插入物的结构、表达、稳定性遗传信息以及插入位点的序列特征[2]。 因此在转基因作物的风险评估中,分子特征识别是必不可少的。
近些年来,随着更多的转化体获准商业化种植,转基因作物的安全评价监督管理及其知识产权的保护受到更广泛的关注。 明确转化体插入位点的分子特征是对转基因作物知识产权保护和安全监督管理的技术依据。 由于T-DNA 插入植物基因组中位置的不确定性, 不同转化事件中T-DNA 插入位点的侧翼序列也不同;因此,每一个转化体都是唯一转化事件,T-DNA 插入位点是每个转化体的标签。 鉴定出T-DNA 在植物基因组中的插入位点,根据插入位点处的侧翼序列以及T-DNA 骨架序列建立转化体特异性聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)检测方法可以准确地识别不同转化事件。 因此,明确新转化体的侧翼序列是建立PCR 检测转化体方法的基础。目前,获得T-DNA 插入位点侧翼序列主要报道的方法有反向PCR 法[3]、 热不对称交错PCR[4-5]、PCR 步移[6-7]和基因组重测序法[8-9]。……
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