基于石蒜属转录组序列的SSR分子标记开发应用
2021-09-13李青竹蔡友铭张永春许俊旭杨柳燕
李青竹 蔡友铭 张永春 许俊旭 杨柳燕 孙 翊
(上海市农业科学院林木果树研究所/上海市设施园艺技术重点实验室,上海 201106)
石蒜属(Lycorisspp.)是原产我国的药用和观赏植物,其花色、花型多变,观赏性强[1-3],且鳞茎中含有石蒜碱、加兰他敏等多种生物碱[2,4-6],具有治疗重症肌无力、老年痴呆症(阿尔茨海默症),抗肿瘤和抗癌等重要功能,经济价值极高[7-9]。石蒜属植物不仅种内和种间的变异多,而且部分二倍体材料种间杂交亲和性高,杂交后代表型多变,因此产生了丰富多样的石蒜属种质资源[10-12]。石蒜属植物现有的分类依据主要包括花部性状(如花色、花型、雄蕊相对于花被的长度)、出叶类型(春出叶、秋出叶)和鳞茎形状(卵形、球形)[13],但仅凭外观对资源进行鉴定会出现混淆和无法判断的情况,且杂交后代从种子生长到开花球的时间较长,一般为4~5年,因此生产上需要对石蒜属植物进行早期鉴定。
目前石蒜属中常用于资源鉴定的DNA 分子标记主要有随机扩增多态性DNA 标记(random amplified polymorphic DNA,RAPD)[14-15]、扩增片段长度多态性(amplified Fragment length polymorphism,AFLP)[16]、简单重复序列区间( inter-simple sequence repeat,ISSR)[14]、简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)[4,17]和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)[15]等,RAPD 和AFLP 等传统的标记技术在多态性信息含量及技术重复性上有所缺陷。SSR 标记技术已广泛用于生物学研究与鉴定中,例如石蒜等物种的遗传图谱创建[17-18]、杂交种类鉴定[19]、遗传多样性研究[20-23]等。从来源进行分析,SSR 标记包括以下两大类:一是在基因组基础上实现的SSR 标记;二是在转录组表达基础上实现的序列标签简单重复序列标记。……
