基于热溶解膜过滤法的太岁古菌菌群结构研究
2021-09-08王朝江王世清信艳杰高春燕
生命科学研究 2021年4期
关键词:优势
王朝江,王世清,李 慧,信艳杰,高春燕
(河北省农林科学院遗传生理研究所,中国河北 石家庄 050051)
太岁是一种在中国古籍有记载[1],现代不断发现[2],科学归属正在探索的神秘物体[3~4]。1992年发现的现代首例太岁被鉴定为“以黏菌为主体的特大型黏菌复合体”[5],但该结论又于2010年被作者自我否定[6]。于是,研究者不得不转向探索太岁中存在的其他菌类作为主体菌的可能性。
采用培养方法,研究者在太岁中分离出了丝状真菌、酵母、细菌[7~9];采用非培养方法,特别是高通量测序技术,研究人员获知了太岁细菌和古菌的菌群结构,不仅证明太岁中细菌种群多样性丰富[10],还发现有11个属的古菌存在[11],但在不同太岁间检测到的细菌和古菌的优势属差别巨大。细菌中检出的优势属有Edaphobacter、梭菌属(Clostridium)、芽孢杆菌属(Bacillus)[10]、盐单胞菌属(Halomonas)[12],其间没有相同的属,即使在两个形态近似、产地相同的太岁间也是如此。古菌有相同的优势属,分别是甲烷杆菌属(Methanobacterium)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)和甲烷球菌属(Methanosphaera),但它们在不同太岁间的相对丰度差别很大。这种差异化的结果不能在不同形态太岁间建立起以共有菌群为纽带的联系,也不能为分离太岁的主体菌准确提供目标信息。
高通量菌群测定结果的差别,无疑由所用DNA间的差别决定,而DNA又受其提取方法的影响,对此,已不乏研究报道[13]。本文作者用热溶解膜过滤方法提取的DNA,重测同一太岁的细菌菌群结构,结果证明:之前采用的常规材料处理方法,未考虑太岁质……
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