APP下载

结核分枝杆菌Hrp1蛋白的生物信息学分析

2021-08-31董江涛柳小玲张春军吴江东赵海军张万江

中国人兽共患病学报 2021年8期
关键词:分析

刘 静,吴 芳,张 杰,董江涛,柳小玲,梁 粟,王 菊,张春军,吴江东,章 乐,赵海军,张万江

全世界约有1/3的人口感染了结核分枝杆菌(Mycobacteriumtuberculosis,MTB),其中大多数是潜伏性感染(Latent Tuberculosis Infection,LTBI),目前无有效治疗LTBI患者的疫苗和药物,早发现结核杆菌潜伏感染患者,并对其进行诊断治疗,可以控制后期结核病患者人数[1]。Rv2626c基因的表达是MTB处于休眠期的重要标志之一,Rv2626c抗原受控于休眠调节子DosR(dormancy regulon),编码缺氧反应蛋白1(hypoxic response protein 1, Hrp1),Hrp1蛋白具有较好的抗原性和免疫原性,能有效刺激机体产生一定的细胞免疫及较高的抗体水平,并且该蛋白易被LTBI患者所识别[2],多项研究提示其很有可能会成为一种新型诊断MTB潜伏感染的候选抗原和治疗潜伏性感染的候选疫苗。为此,本文对Hrp1蛋白进行生物信息学研究分析,对其结构功能进行全面分析预测,为进一步了解MTB长期潜伏感染机制提供理论依据,以期为筛选 MTB 诊断标志物和研制新型结核疫苗奠定基础。

1 材料与方法

通过NCBI网站查询,Hrp1蛋白由143个氨基酸序列组成,检索的氨基酸序列如下:MTTARDIMNAGVTCVGEHETLTAAAQYMREH-DIGALPICGDDDRLHGMLTDRDIVIKGLAAG-LDPNTATAGELARDSIYYVDANASIQEMLN-VMEEHQVRRVPVISEHRLVGIVTEADIARH-LPEHAIVQFVKAICSPMALAS。

1.2 方 法

1.2.1 Rv2626c基因开放阅读框架分析及其编码蛋白的理化性质及亲疏水性分析 分析Rv2626c基因的开放阅读框架,采用NCBI网站中的ORF Finder软件(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder)。上传Rv2626c基因编码的氨基酸序列至Protpapram生信软件(https://web.expasy.org/protparam)及ProtScale生信软件(http://web.expasy.org/protscale),分析其编码蛋白Hrp1蛋白的理化性质,包括氨基酸数目、分子式、分子质量、氨基酸组成、等电点、亲(疏)水性等。

1.2.2 Hrp1蛋白的信号肽、跨膜区、糖基化及磷酸化位点预测 运用信号肽分析系统SOSUI(http://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/sosui/)在线软件及Signal IP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)分析Hrp1的信号肽及其位置;……

登录APP查看全文

猜你喜欢

分析
禽大肠杆菌病的分析、诊断和防治
隐蔽失效适航要求符合性验证分析
电力系统不平衡分析
电力系统及其自动化发展趋势分析
经济危机下的均衡与非均衡分析
对计划生育必要性以及其贯彻实施的分析
GB/T 7714-2015 与GB/T 7714-2005对比分析
网购中不良现象分析与应对
中西医结合治疗抑郁症100例分析
伪造有价证券罪立法比较分析