生物信息学分析骨肉瘤中关键基因及其潜在调控miRNA
2021-08-23黄汉记郑明军徐伟华
黄汉记 郑明军 徐伟华

摘要:目的 筛选出骨肉瘤中关键基因,并进一步分析其调控miRNA,分析其可能的机制及临床意义。方法 采用的R语言limma软件包对miRNA芯片进行差异分析,并利用生物信息学数据库预测可能结合调控的miRNA。最终利用R语言Upset取各数据库预测到的miRNA和差异性表达的miRNA得到的交集作为关键miRNA。结果 生物信息学分析结果发现EFNA1在骨肉瘤对比成骨细胞组中显著高表达。进一步七个不同的数据库预测EFNA1的上游调控miRNA,得到唯一的交集为hsa-miR-1915-3p。结论 EFNA1的高表达会促进骨肉瘤的发展,而hsa-miR-1915-3p可能是EFNA1的潜在调控靶点。
【中图分类号】R730.4 【文献标识码】A 【文章编号】1673-9026(2021)08-018-01
人骨肉瘤是最常见的原发性恶性骨肿瘤之一,其发病率,死亡率较高和易发现转移[1]。 尽管在过去几十年中,针对OS的治疗策略取得了重大进展,但由于诊断和转移的发展延迟,其预后仍然很差[2]。因此,需要寻找新的生物标志物,并确保骨肉瘤患者的有效治疗。近几十年来,研究发现了一类新的非编码RNA (ncRNA),如microRNAs (miRNAs)等非编码RNA[3]。它们都具有不同的调节功能,有效地调节细胞功能的基本蛋白效应器,并在骨肉瘤的发展和进展中发挥重要作用。其中miRNA是非编码基因中重要的家族,在肿瘤的发生和OS的发展中发挥着关键的作用[4]因此,本文中我们主要探讨筛选出关键的靶基因,并进一步预测其可能调控的miRNA进行生物信息学分析,为骨肉瘤的分子标志物和临床治疗提供新的视角。
1.方法
1.1数据收集
登录 GEO 数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) ,找出已经公布的骨肉瘤基因芯片数据集GSE14359(平台为:GPL96 [HG-U133A] Affymetrix Human Genome U133A Array)。……
