基于网络生物信息学筛选精神分裂症关键基因
2021-08-22吴亚娟钱科佳潘继英
吴亚娟,赵 楠,钱科佳,惠 涛,潘继英
(张家港市第四人民医院精神科,江苏 张家港 215600)
目前精神分裂症(schizophrenia)病因尚不清楚,通过现象学方法无法辨别因果关系,而有关基因功能和遗传变异的研究对阐明精神分裂症的病因机制和了解环境因素对精神分裂症的影响都具有重大意义[1]。近十年来精神分裂症的全基因关联研究改变了精神病学的研究领域,表明了在分子水平上精神分裂症具有潜在的生物学基础[2]。用人类多能干细胞和含有风险相关变体的基因组细胞建立精神分裂症患者的神经元模型正在开展[3]。以基因为切入点,研究精神分裂症风险相关的基因或可构建观察和治疗目标的系统模块。然而,目前有文献报道的精神分裂症风险基因很多,彼此缺乏系统联系。基于此,本研究采用生物信息学方法对精神分裂症编码基因进行分析,以期寻找更为精准的候选基因。
1 资料与方法
1.1 资料来源 于大鼠基因组数据库(https://rgd.mcw.edu/wg/,RGD)中搜集人源精神分裂症编码基因。
1.2 方法
1.2.1 精神分裂症编码基因的获取 在RGD 数据库检索“schizophrenia”,在Results Matrix 中选择human 下的gene 及protein-coding,即获取人源精神分裂症的编码基因,检索获得391 条基因信息。
1.2.2 基因本体功能注释(GO)使用在线基因注释软件(https://david.ncifcrf.gov/)对精神分裂症相关编码的391 个基因进行GO 功能富集分析,以P<0.05为筛选条件,从生物过程(biological process,BP)、细胞组成(cellular component,CC)、分子功能(molecular function,MF)三方面对391 个基因最可能涉及到的功能进行筛选,将结果以txt 文本格式保存,后利用R 软件作图。
1.2.3 京都基因与基因组……
