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基于生物信息学探索肺腺癌预后相关基因及免疫浸润分析①

2021-08-21黄宏玉巫艳彬覃寿明广西医科大学第一附属医院呼吸与危重症医学科南宁530021

中国免疫学杂志 2021年11期
关键词:肺癌分析

黄宏玉 巫艳彬 覃寿明(广西医科大学第一附属医院呼吸与危重症医学科,南宁530021)

肺癌是目前全球范围内第二常见癌症,也是全球癌症相关死亡的主要原因。非小细胞肺癌(nonsmall cell lung cancer,NSCLC)约占肺癌的85%[1-2],而肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)在NSCLC中的占比为40%[3-4]。目前,肺癌主要以手术、放化疗、分子靶向治疗、免疫治疗[5]、中医药治疗等多学科联合的综合治疗模式为主,这极大地改善了肺癌患者的预后。但由于个体差异和耐药性,其临床疗效有限。因此,急切需要寻找肺癌的致病机制以及更高效、精准的诊治方法[6]。

越来越多的证据表明肿瘤微环境(tumor immune microenvironment,TME)在肿瘤发生发展中的重要性。肿瘤的进展主要归因于一个独特而适宜的TME。TME主要由多种基质细胞维持,包括肿瘤干细胞、癌内皮细胞、癌相关成纤维细胞和浸润免疫细胞[7-8]。癌细胞与其支持细胞之间的协同作用导致了肿瘤的恶性表型出现,如永生增殖、抗凋亡、逃避免疫监视等[9]。因此,肿瘤浸润性免疫细胞(TIC)在TME中可作为治疗效果的指标[10]。

本研究从TCGA[11](https:∕∕cancergenome.nih.gov∕)数据库中下载594例转录组RNA序列数据,用CIBERSORT和ESTIMATE计 算LUAD样本 中TICs的比例以及免疫成分评分(Immune score)和基质成分 评 分(Stromal score)[12]。利 用Immune score和Stromal score共享的DEGs构建PPI网络并进行单变量Cox回归分析,然后利用PPI网络中的核心节点和单变量Cox回归分析得到的最高显著性因子进行交叉 分 析,获 得CCR2、CD79A、BTK、CD19、CD22、CD28、PTPRC共7个预后关键基因。我们选择其中一个基因(CD22)进行生存率和临床病理特征相关性分析、Cox回归分析、基因集富集分析(GSEA)以及与TICs的相关性分析。CIBERSORT算法对LUAD患者进行免疫细胞浸润分析,初步探究免疫浸润细胞在LUAD中的作用。……

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