胡婷婷，刘 淦，王文静，李 磊，李梦珠，杨进孙，孙恩涛，陶香林

疟疾是一种危害性极强的人兽共患性疾病。据世界卫生组织统计，2017年发生2.31亿例疟疾病例，造成41.6万人死亡，2018年发生2.28亿例，造成40.5万人死亡，2018年疫情与2017年基本持平但情况仍不容乐观[1]。各国之间频繁的交流，增加了疟疾向低风险地区传播及药物抗性虫株于全球范围内传播扩散的风险[2]。疟疾溯源有助于追溯药物抗性虫株起源、明确疟疾发源地及传播路径，及时制定应对措施阻断其传播[3]。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)组合、微卫星标记、单倍型网络是目前用于疟疾溯源的常规分子标记。Daniels等[4]曾选择SNP作为分子标记进行溯源，但如何高通量获取这些样本的SNP仍需要测序技术及生物信息学分析方法的优化。微卫星标记的方法相对简便，但各实验室标准未完全统一，故在推广应用上存在限制性[5]。单倍型网络进行溯源时，因频繁的重组，使研究核基因组中单核苷酸多态性单倍型之间的祖先关系变得很复杂。综上，以上方法均存在一定弊端，故选择简便性、特异性的分子标记物用于疟原虫的溯源迫在眉睫。

随着分子生物学研究逐渐深入，发现不同地域间的疟原虫存在表型差异，且越来越多的研究选择通过构建系统发育树研究疟疾的地理起源[6-7]。构建系统发育树的分子标记物有mtDNA、SSU rRNA、18S rRNA等，而18S rRNA基因在确定疟疾病原发源地时，准确性、特异性相较其他溯源分子标记物更有优势：18S rRNA极为保守，常作为靶基因应用于疟原虫基因检测以及真核生物种属之间的亲缘关系比较。……