美国红枫转录组SSR序列分析
2021-07-30柯裴蓓沙文锋李玉娟
中南林业科技大学学报 2021年7期
郭 聪,陈 燕,王 莹,谈 峰,柯裴蓓,沙文锋,李玉娟
(江苏沿江地区农业科学研究所,江苏 南通 226541)
美国红枫Acer rubrum,又叫红花槭,槭树科槭属落叶乔木,主要分布于美国北部及加拿大大部分地区。因其秋季色彩夺目,树冠整洁,既可以园林造景又可以做行道树,是城市园林绿化的理想树种之一,也是唯一可以用作行道树的彩叶树种。近年来,关于美国红枫的报道主要集中在栽培管理[1-2]、生理生化[3-4]以及组织培养[5-6]等方面,而对美国红枫种质资源遗传性评价和保护、分子育种等方面的研究较少。
简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)广泛分布于真核生物基因组中,是由1~6 个碱基为重复单位组成的串联重复DNA 序列,具有多态性高、重复性好、标记数量多等特点,是林木遗传育种研究中的一种辅助育种方法[7-9]。随着现代分子生物学技术的飞速发展,SSR 技术也被广泛应用于植物分子辅助育种、遗传图谱的绘制以及种质资源遗传多样性等方面的研究。周宵等[10]基于木本油料植物光皮树叶片转录组数据,筛选出12 538 个SSR 位点,并根据正交实验研究出SSR-PCR 反应体系最佳组合。张振等[11]从红松转录组中41 476 条Unigene 中筛选出1 757 个SSR位点,并对SSR 序列的数量、分布特征进行了统计分析,印证了利用红松转录组数据开发SSR 标记的可行性。蔡年辉等[12]基于SSR 分子标记技术,对不同生长优势等级云南松林木遗传多样性变异进行了研究,发现林木生长分化对遗传多样性的影响不明显。程健弘[13]利用已开发的95 对SSR多态性引物分析了杉木育种群体的连锁不平衡程度、遗传多样性和群体结构。……
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