王悦星，郑世茂，王业文，李培江， 张 羽，于月华

(1.新疆农业大学 农学院，乌鲁木齐 830052；2.陕西理工大学 生物科学与工程学院，陕西汉中 723000；3.陕西省水稻研究所，陕西汉中 723000)

陕南地区为籼稻优生区，该地区籼稻种质资源遗传背景分析对高产、优质、高抗籼稻新品种的选育具有重要意义。从最早的形态标记到DNA分子标记，遗传标记在群体遗传基础研究中发挥了重大作用。过去几十年来，简单序列重复(Simple Sequence Repeats，SSRs)技术由于所需 DNA量少、在基因组分布较多(大约每隔10～50kb就存在1个SSR)、呈共显性遗传等特点成为研究群体遗传背景的主要DNA标记，SSR标记也成为中国主要农作物品种指纹鉴定图谱中心的指定标记，在水稻、小麦、油菜、玉米等植物新品种鉴定、新品种保护等DNA指纹图谱检测中都使用SSR标记[1-4]。基因组学的研究发现，在真核生物基因组中多态性最高的DNA多态性为单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNPs)，水稻基因组中大约每几百bp，甚至几十bp就有1个SNP[5-7]。相比之下，SSR标记显示出数量少、在基因组分布不平衡、电泳分辨能力弱，费时费力等因素，阻碍了高密度遗传图谱的构建及相关生物学问题的研究。近年来，二代测序技术的发展使得SNPs的检测变得容易，针对多态性低及富含高重复序列物种[8-10]，用全基因组测序性价比低的问题，简化基因组测序技术应用而生，简化基因组测序技术大部分是基于RAD tags(Restriction site Associated DNA)，进行高通量测序[11-15]，大幅降低基因组的复杂度，尤其适合于大样本量的研究，可快速鉴定出高密度的变异，特别是SNPs变异。……