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肝组织特异性基因IGFALS、CYP3A4、SLC22A1和CYP2E1可能与肝癌预后不良相关

2021-07-09张岩岩陈晓彤陈俊辉郑玉宝

中国医学科学院学报 2021年3期
关键词:肝癌数据库分析

张岩岩,曹 静,陈晓彤,陈俊辉,郑玉宝

中山大学附属第三医院感染科,广州 510630

肝癌是全球最致命的癌症之一,70%~90%的原发性肝癌为肝细胞癌,发病率逐年增加,男性患病率高于女性[1-2]。1997至2016年,中国肝癌的患病率从28.22/10万增至60.04/10万,发病率从27.33/10万增至41.40/10万,死亡率从27.40/10万增至31.49/10万,伤残调整生命年(disability-adjusted life years,DALYs)从10 311 308年增至11 539 102年[3]。肝癌的患病率和死亡率仍在持续上升,其不良预后也给国家和家庭带来沉重负担。对于肝癌目前仍缺乏有效治疗手段,除放射线、消融、手术切除、移植和经动脉化学栓塞(transcatheter arterial chemoembolization,TACE)等物理和化学治疗方法外,就只有一些少量的效果甚微的昂贵药物[4]。研究显示,肝癌的危险因素有乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)、丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)、酒精脂肪肝疾病、酒精相关性肝硬化、吸烟、肥胖、糖尿病、铁超载和各种饮食暴露,但肝癌发生发展的具体机制尚未阐明,仍待进一步探索[5-6]。

微阵列和RNA测序技术的发展促进了研究人员对RNA和DNA的进一步研究,已成为生物医学研究的一个重要组成部分[7-8]。目前,美国国家生物技术信息中心(National Center of Biotechnology Information,NCBI)的GEO数据库中储存了3万多个系列和100万个基因表达数据样本[9],为深入研究肿瘤基因以及寻找肿瘤生物标志物和预后指标提供了新方法。本研究从GEO数据库中鉴定了差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对其功能和关键基因在肝癌发生发展及预后中的作用进行了系统分析。

资料和方法

DEGs筛选从NCBI的GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)选择GSE57957、GSE121248、GSE36376和GSE14520 4个数据集,采用GEO数据库官网提供的Analyze with GEO2R在线工具进行整合和差异分析,以P<0.05和|log2FC|>1为标准筛选出4个数据集中的DEGs。……

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