常规培养与缺氧条件下BCG菌体内外sRNA的表达检测
2021-07-01范云帆张文莉赵吉子付英梅
韩 雪, 顾 伟, 李 婷, 范云帆, 张文莉, 赵吉子, 付英梅
(哈尔滨医科大学 微生物学教研室,黑龙江 哈尔滨 150081)
细菌中长度在50~500 nt的非编码RNA通常被定义为小RNA(small RNA,sRNA)[1]。细菌的sRNA的表达水平受环境因素诱导而改变,继而通过对靶基因的调节,帮助细菌适应环境因素的变化[2-3]。细菌的sRNA也可通过细胞外囊泡等方式被分泌到菌体外,在宿主体内以细胞间信号的跨物种传递方式,发挥基因表达调控的功能,参与感染与免疫进程。例如,细菌胞外sRNA可激活宿主细胞的模式识别受体途径,诱导保护性免疫反应[4-5];或模拟宿主的miRNA调节靶基因的表达,影响细胞因子和干扰素水平、诱导免疫细胞凋亡[6-7]。高通量测序技术发现,细菌的sRNA也可分布到宿主的各种体液和组织器官中[8-9]。因此,细菌的胞外sRNA,可作为感染性疾病的诊断标志物或治疗监测标志物,也可将其作为新型核酸疫苗加以研制。在NCBI数据库的结核分枝杆菌参考基因组中,注释了20种sRNA,研究发现这些sRNA的调控作用包括影响细菌的生长与转录,蛋白质的分泌,在感染时发挥一定的作用[2,10-11]。但对结核分枝杆菌菌体内外sRNA谱的情况还不清楚。为了研究结核分枝杆菌菌体内外sRNA的表达情况,本研究以BCG菌株为研究对象,测定细菌不同生长时期菌体内外的sRNA谱,并以缺氧为诱导条件,研究BCG菌体外sRNA的变化规律,为筛选有利于结核病诊断的sRNA候选标志物提供依据。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 菌株 菌株MycobacteriumbovisBacillus Calmette-Guerin Vaccine(BCG,卡介苗) Danish,由哈尔滨市南岗区结核病防治所惠赠。
1.1.2 培养基 BCG培养采用含白蛋白-葡萄糖-过氧化物酶(ADC)的Middlebrook 7H9培养基[12],购自美国BD公司。……
