冠心病m6A修饰差异关键基因的筛选与验证①
2021-06-24涅鲁排尔热依木江
罗 荔,涅鲁排尔·热依木江,金 颖,罗 梅
(新疆医科大学第五附属医院心血管内科,乌鲁木齐 830011)
冠状动脉疾病(coronary artery disease,CAD)及其最严重的并发症,急性心肌梗塞(acute myocardial infarction,AMI),是全球人类死亡率和发病率的主要原因[1-2]。CAD特征是心肌内血液和氧气供应不足,主要是由于内壁斑块形成(动脉粥样硬化)引起的冠状动脉重构和狭窄[3]。CAD的遗传能力在40%~60%[4]。目前,全基因组关联分析(genome-wide asso⁃ciation analysis,GWAS)已确定100多个与CAD相关的基因 座[5]。近年来,N6-甲基 腺 苷(N6-methyl⁃adenosine,m6A)甲基化已成为研究热点,它在许多基本生物学过程中都发挥着关键作用,例如基因表达调控[6]、mRNA稳态调节[7]、体内平衡[8]以及各种肿瘤相关疾病[9]。m6A甲基化修饰被证明是可逆的,RNA甲基化对于维持心脏动态平衡的必要性[10]。因此,本研究利用生物信息学整合网络数据平台数据探究m6A修饰相关差异基因,为寻找新的预测CAD的生物标志物和基因治疗靶向药物开发提供依据。
1 对象与方法
1.1 一般资料选择美国国立生物技术信息中心公共数据库(NCBI)的两部分数据。第一部分患者为博洛尼亚大学医学中心的13例接受心脏瓣膜手术患者(无CAD/颈动脉粥样硬化的病史),以及10例接受冠状动脉搭桥手术的患者(CAD组),术中收集患者的心外膜脂肪组织(epicardial adipose tissue,EAT)和皮下脂肪组织(subcutaneous fat tissue,SAT)。第二部分患者从2011年1月-2014年5月北京阜外医院505名CAD患者和343名健康对照者中随机选择93名CAD患者和48名健康对照者(对照组),入院48 h内取全血,提取外周血单核细胞(peripheral blood mono⁃nuclear cells,PBMCs)。对PBMCs、EAT和SAT组织RNA进行基因表达谱分析和比较。
1.2 方法
1.2.1 基因芯片GSE113079和GSE64554数据集下载 本研究首先从NCBI公共数据平台下载基因芯片GSE113079和GSE64554数据集,下载完成后使用R语言limma对数据进行标准化。……
