基于生物信息学耐吉非替尼非小细胞肺癌细胞的差异表达基因分析▲
2021-06-09黄溢问张文峰贾家宝庞伟毅
黄溢问 吴 凤 阳 联 张文峰 贾家宝 孙 易 庞伟毅
(桂林医学院公共卫生学院,广西桂林市 541000,电子邮箱:1278769309@qq.com)
据《全球癌症数据2018》[1]的统计结果,肺癌的全球发病率和全球死亡率在所有癌症中均居首位,其中2018年有210万例新发肺癌患者,180万例患者死于肺癌,由此可见该病严重增加了全球卫生体系的负担。肺癌可分为小细胞肺癌和非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC),以后者最为常见。以吉非替尼为代表的肺癌靶向药物出现后,患者中位生存期显著延长,不良反应也大大减少[2-3]。吉非替尼是一种表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI),可抑制肿瘤生长,但由于肿瘤的异质性等众多因素,吉非替尼也出现了耐药现象,但其机制至今仍未完全阐明[4]。近年来,基因芯片和测序亦作为新兴技术之一,可以在极短的时间内产生大量的数据;但同时这些数据也夹杂着大量的错误信息,传统的逐个基因的探索方法也因此显得耗时且低效[5]。这使得学者们开始重视信息的规范化,以及对数据的管理及分析,因此传统的生物化学实验室逐渐向生物信息学领域发展,也由此衍生了计算生物学、生物信息学等新型分析方法;这些方法已被用于肿瘤的分类和其相关分子机制的探索,其有效性及高效性在一定程度上规避了传统生物化学方法的弊病。本研究利用基因芯片数据,运用生物信息学工具分析肺癌耐药相关的通路和基因,为吉非替尼耐药机制的研究提供线索和依据。
1 资料与方法
1.1 数据来源 在GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)中下载基因表达谱数据集GSE122005。……
