陈泳蓓，陆俏岑，何韵怡，陈柏希，吴 岳，刘洪波③

(桂林医学院a.第二附属医院检验科；b.临桂临床医学院，广西 桂林 541199)

肠道病毒被认为是引起1型糖尿病(type 1 diabetes mellitus，T1DM)的主要致病因素之一，其中以柯萨奇病毒B4型(CVB4)最为常见[1]。研究表明，CVB4感染与T1DM发病存在相关性，但CVB4致T1DM的机制仍未明确。1979年，Yoon等[2]从1名T1DM患者的胰腺组织中分离出CVB4，随后在T1DM患者中发现了CVB4的结构蛋白VP1[3]。因此，认为VP1蛋白可能是CVB4引起T1DM的重要分子和CVB4功能和表位所依托的分子[4]。笔者以从胰岛中分离得到的CVB4株的VP1蛋白作为研究对象，对其进行生物信息分析，预测其基本理化性质、相关功能结构以及B细胞线性表位，为肠道病毒引起T1DM的机制研究提供生物信息学基础。

1 资料和方法

1.1 CVB4 VP1氨基酸序列获取和生物信息工具

从NCBI数据库(https：∥www.ncbi.nlm.nih.gov/)下载28条CVB4全长氨基酸序列，并以新发T1DM患者胰岛中分离得到的CVB4 Tuscany株[3](登录号为ABF19105.1)VP1蛋白为研究对象，利用Bioedit、DNAstar、B细胞线性表位预测在线服务器ABCpred(https：∥ webs.iiitd.edu.in/raghava/abcpred/ABC _submission.html)、免疫表位数据库网站IEDB(http：∥tools.iedb.org/bcell/)以及生物信息学门户ExPASy(https：∥www.expasy.org/proteomics)提供的多种在线工具对其进行分析[5]。

1.2 CVB4 VP1蛋白的基本理化性质分析

利用Bioedit对VP1氨基酸的组成进行分析。利用ProtParam预测VP1的分子组成、相对分子质量、等电点、消光系数、不稳定系数，以及在哺乳动物网织红细胞、酵母和大肠杆菌中的半衰期等。

1.3 CVB4 VP1蛋白的结构功能和B细胞线性表位预测

以VP1为研究对象，应用SignalP进行信号肽分析；Tmpred和TMHMM进行跨膜螺旋预测；NetPhos分析磷酸化位点；MotifScan分析乙酰化位点；Net-NGlyc分析糖基化位点；TargetP和NetNES分析亚细胞定位；SMOPA和Predictprotein分析二级结构；利用ABCpred和IEDB对线性B细胞表位进行综合预测，利用MEGA将预测到的表位序列与下载的28条CVB4全长氨基酸序列进行序列比对，分析表位保守性。……