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脊尾白虾线粒体基因组SNP位点的筛选及其特征分析

2021-05-24朱佶轩段健诚阎斌伦

水产科学 2021年3期
关键词:检测

朱佶轩,戴 琴,段健诚,高 娜,高 威,阎斌伦,2,高 焕,2,3

( 1.江苏海洋大学,江苏省海洋生物技术重点实验室,江苏省海洋生物资源与生态环境重点实验室, 江苏 连云港 222005; 2.江苏省海洋生物产业技术协同创新中心,江苏 连云港 222005; 3.江苏省农业种质资源保护与利用平台,江苏 南京 210014 )

单核苷酸多态性(SNP)指不同个体间基因组上同一位点上的单核苷酸序列存在差异,这种多态性位点具有密度高、遗传稳定、代表性强、易实现自动化分析等优点[1],因此成为第三代分子标记的典型代表,在亲缘鉴定、分子标记、遗传育种和疾病防控等领域有着广泛的应用[2-3]。线粒体基因组具有母性遗传的特点,因此其上的分子标记,尤其是SNP标记,已经成为亲缘鉴定[4]、遗传多样性分析[5]的重要工具。目前该技术在经济甲壳动物的研究中应用广泛,如对斑节对虾(Penaeusmonodon)的PmCatL、PmTry以及PmAmy基因进行检测后发现了56个能够控制生长性状的SNP位点[6];Zhang等[7]在合浦绒螯蟹(Eriocheirhepuensis)和中华绒螯蟹(E.sinensis)中找到的能够稳定遗传的SNP位点,开发出了DNA条形码。

SNP的检测技术经历过许多的探索和改进,从限制性片段长度多态性法(PCR-RFLP)、单链构象多态性法(PCR-SSCP)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)等以凝胶电泳为基础的传统方法到近年来发展运用的DNA测序法、DNA芯片检测、变性高效液相色谱法(DHPLC)、高分辨率熔解曲线(HRM)等技术,对SNP的检测越发注重于自动化和高通量[8]。高分辨率熔解曲线技术可以通过实时监测不同个体熔解曲线的形状和位置上的差异检测出序列变化,与其他技术相比,具有低成本、易操作、高通量、高灵敏度等优势,适合用于对未知SNP位点的筛查和分析。……

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