田 镇，陈爱华，吴杨平，陈素华，张 雨，曹 奕，张志东，李秋洁

（1.上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心，上海201306；2.江苏省海洋水产研究所，南通 226007）

文蛤（Meretrix meretrix）隶属帘蛤目（Veneroida），帘蛤科（Veneridae），是一种广温、广盐性滩涂埋栖型经济贝类，为我国主要养殖贝类和出口水产品之一［1］。近年来，有关文蛤生物学特性以及基因资源挖掘等多方面研究越来越多，极大地促进了文蛤养殖业持续健康发展［2］。目前，关于文蛤生理胁迫［3-5］、呼吸代谢［6］、过氧化氢酶分析［7］、遗传多样性［8-9］等方面的研究已有众多报道，但在转录组水平SSR微卫星特征生物信息学分析方面的研究鲜有报道。

微卫星（microsatellites），也称简单重复序列（simple sequence repeat，SSR），为1～6个核苷酸组成的短串联重复序列［10］，具有高稳定性、特异性和共显性等优点，多应用于水产生物遗传多样性分析和分子标记育种等领域［11］。随着高通量测序技术发展，通过转录组、基因组等测序平台大量快速测定DNA分子序列技术，利用生物信息学分析开发出数量庞大的SSR标记，已在多种水产动物中得到广泛应用［12］。

本研究采用第二代高通量测序技术对文蛤进行转录测序（RNA-sequencing，RNA-Seq），通过对文蛤转录组中不同类型微卫星的统计与分析，了解其微卫星分布频率和数量，从转录组水平阐明文蛤SSR组成特征，对进一步利用微卫星标记技术开展遗传标记辅助育种和种群遗传学研究具有重要的参考价值。

1 材料与方法

1.1 动物材料

实验用文蛤于2017年3月取自江苏省文蛤良种场（南通），随机挑选外形完整、无损伤的广西和江苏原种个体各30粒。……