2010年8 月，为了更好地投资、建设、运营、管理珠三角城际轨道交通网和开发其附属资源，由原广州铁路（集团）公司（现更名为中国铁路广州局集团有限公司）、广东省铁路建设投资集团有限公司分别作为原铁道部和广东省人民政府的出资者代表，共同投资组建了广东珠三角城际轨道交通有限公司（以下简称“珠三角城际轨道公司”）。

公司现设立综合部、纪检审计室、企业管理部、党群工作部（人力资源部）、财务预算部、计划合同部（法律事务部）、技术管理部、安全质量部、物资设备部、运营管理部、经营开发部、第一建设指挥部、第二建设指挥部13个部门，下设全资子公司广东珠三角城际轨道交通资源开发有限公司，形成了精简、高效、务实的组织和管理架构。公司现有员工2105人，其中本部管理人员303人，正高级职称6人、副高级职称158人，高级职称人员占本部管理人员的54%。

截至目前，珠三角城际轨道公司已承担12个城际轨道项目建设任务，总里程550公里（含运营总里程317公里），总批复投资额2074.8亿元。其中，已建成项目6个，分别为广佛肇城际、莞惠城际、穗莞深城际新塘至洪梅段、洪梅至深圳机场段、广清城际广州北至清远段，以及新白广城际北段（白云机场T2站至广州北站段）；在建项目7个，建设总里程233公里，分别为广佛环城际佛山西至广州南段、佛莞城际、新白广城际新塘至白云机场T2站、广佛环城际广州南至白云机场段、穗莞深城际琶洲支线、广清城际广州白云至广州北段、广清城际清远至省职教城段。……