异位妊娠诊断相关分子miR378d 靶基因预测及生物信息学分析
2021-04-29蒋学锋骆秀容曹丽娟赖紫玲肖天慧卓蓉王中海
蒋学锋,骆秀容,曹丽娟,赖紫玲,肖天慧,卓蓉,王中海
(华中科技大学协和深圳医院 妇产科,广东 深圳 518052)
0 引言
微小RNA(microRNAs,miRNAs)是一种长约20~22 bp的高度保守的非编码RNA,通过与目的基因的3'UTR相结合,从而降解靶基因的mRNA或抑制靶基因蛋白的翻译[1]。miRNA可以直接或者间接参与靶基因的调控,一种 miRNA可以同时调控多个靶基因的表达。miRNA在许多疾病中异常表达,其稳定性和抗降解性使其成为诊断各种疾病的有效的生物标志物[2]。异位妊娠(ectopic pregnancy,EP)约占所有妊娠的1%~2%,是导致孕产妇死亡的主要原因之一[3],由于盆腔炎症发病、宫内侵入性手术的增加,异位妊娠发病率有升高的趋势。由诊断延迟而导致的漏诊、误诊严重时将危及患者生命。miR-378d最近被报道是一个很有潜力的早期诊断异位妊娠的生物标记物[4],但是目前对miR-378d的研究还很少。本研究通过生物信息学的方法,预测它可能的靶基因,并进行基因的功能和相互作用进行分析,为研究该分子在异位妊娠中的作用提供理论基础。
1 研究方法
利用miRDB[5]数据库对microRNA-134的靶基因进行预测,利用Metascape[6](http://metascape.org)对预测到的靶基因进行富集分析。Metascape综合采用基因本体(GO)、京都基因与基因百科全书(KEGG)、反应组学基因集(reactome gene sets)和经典通路(canonical pathways)等富集分析工具,采用超几何分布算法,收集P<0.01,最小计数为3,富集因子>1.5的项。
本研究以人类基因组作为背景基因,p 值通过累积超几何分布算法来计算,而q值使用Banjamini-Hochberg 算法进行多重检验。在对富集项进行分层聚类时,使用Kappa scores作为相似性度量,相似度大于0.3的子树被方可认为是一个群。……
