中国水产科学研究院东海水产研究所(以下简称“东海所”)青蟹遗传育种创新团队与院部生物中心水产生物遗传大数据研究与应用创新团队合作，成功破译了拟穴青蟹(Scyllaparamamosain)(以下简称“青蟹”)基因组染色体图谱，获得国际首个高质量的青蟹基因组参考图谱。研究成果于近日在Molecular Ecology Resources在线发表。这是该团队在获得青蟹高密度遗传连锁图谱以及成功选育生长速度提高20%的7代品系后的另一大重要进展，为青蟹新品种选育奠定了重要基础。东海所赵明博士、王伟博士为文章的共同第一作者，马凌波研究员、李炯棠研究员为共同通信作者。该研究得到了国家重点研发计划“重要养殖虾蟹类种质创制与健康苗种繁育”项目、国家虾蟹产业技术体系、上海市科技创新行动计划以及院、所两级基本科研业务费等的资助。青蟹是我国两大海水养殖蟹之一，2019年年产量达16.06万t，有非常重要的经济价值。但由于缺乏高质量的基因组，分子辅助育种一直以来进展较缓慢。大多数甲壳动物基因组杂合度高、重复序列多、染色体数目多，对基因组组装造成了较大的困难。本研究采用混合测序和复合组装策略，最终完成了青蟹全基因组组装，获得49条染色体序列，Contig N50达到191 kb，平均染色体长度29 Mb，覆盖预测基因组大小的95.1%。青蟹基因组覆盖度、连续性和基因完整性均高于已发表的三疣梭子蟹和中华绒螯蟹基因组图谱，是目前蟹类中质量最高的基因组数据。

基因组水平的进化分析发现，青蟹和梭子蟹在42.51百万年前分化，青蟹、三疣梭子蟹和中华绒螯蟹在染色体水平具有多次复制或融合事件；……