张向阳 ， 亢继俊 ， 张靖菊 ， 刘义明 ， 陈孝杰 ， 李秀波

(中国农业科学院饲料研究所兽医微生物学实验室 ， 北京 海淀 100044)

抗生素的发现与使用是人类历史上一次里程碑式的突破，英国细菌学家弗莱明在实验室的2次意外发现开启了抗生素治疗感染的新篇章。但是由于不规范使用甚至滥用，药物残留和耐药菌株的广泛传播严重危害畜牧业健康发展和人类公共卫生安全。近年来，科研人员已经意识到做好耐药菌的流行病学调查和监测抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes，ARGs)在细菌间水平转移的重要性[1]。随着测序技术的飞速发展，借助宏基因组学(Metagenomics)方法使高效快速准确地检测样品中耐药基因及发现新型耐药基因成为可能。本文将针对宏基因组技术在奶牛养殖中ARGs监测方面的应用进行阐述，以期为了解ARGs借助粪便和空气等媒介在奶牛间，以及奶牛与环境间传播扩散的规律提供研究思路。

1 细菌耐药性研究进展

自1928年弗莱明发现人类第1种抗生素青霉素以来，距今已有90多年的历史，在此期间又发现了磺胺类(1932年)、氨基糖苷类(1943年)、氯霉素类(1947年)等10多个大类的几十种抗生素[2]。抗生素成为人类抵抗病原菌感染的利器，彻底改变了现代医学，挽救了数以亿计的生命。数据表明，抗生素仍然是目前最常用的处方药之一，从2000—2015年，全球抗生素消耗量[衡量的指标为限定日剂量(Defined daily dose，DDD)]增加了约65%，从211亿增长到了348亿[3]。抗生素在养殖业中的大量使用增加了对动物肠道及环境中携带耐药基因细菌的选择性压力。……