王素梅，张健东，刘树业 (1.天津市第三中心医院检验科，天津 300170；2.天津市人工细胞重点实验室，天津 300170；3.卫生部人工细胞工程技术研究中心，天津 300170)

目前全球感染性疾病现状严峻，但感染病原体大多仍不明确，病原体的快速测定对临床医师指导临床用药非常重要。然而，目前的诊断方法在许多方面都是有限的，如检测范围、耗时、特异性和灵敏度。传统病原检测方法包括微生物培养、镜检、抗原/抗体的免疫学方法、鉴定、药敏在感染控制中发挥着重要作用。检测病原体特异核酸序列的 PCR方法和基因分型方法等，已经无法满足对病原谱全面检测的需要。

随着基因测序技术的不断发展，二代测序亦被称为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS)技术也逐步成长为主流的测序技术，该技术发展迅猛，通量高、速度快、成本低。NGS 不需要靶特异性引物，在单次序列测定中可确定菌株基因组完整的DNA序列,可用于所有病原体的鉴定和分型。因此，该技术可在医学微生物实验室和感染控制中发挥巨大作用[1-2]。

1 NGS简介

NGS即高通量测序技术，在基于序列的基因组研究和新型生物学应用方面逐步推进，有望以前所未有的速度对DNA进行测序。与传统的测序方法相比，这些新的非基于Sanger的技术具有通量高，测序速度快，运行成本低和准确性高等优势。核心思想是边合成边测序(Sequencing by Synthesis)，即通过捕捉新合成末端的标记来确定DNA的序列。其特点是能一次并行几十万到几百万条DNA分子的序列测定，且一般读长较短。……