评“CISI2.0：更好的抗体交叉或自身相互作用预测工具”沈百荣

侠之大者，为国为民。武侠小说中，大侠往往有奇遇。段誉吞了莽牯朱蛤、郭靖饮下梁子翁的药蛇血，两人于是百毒不侵。凡此种种，类似主动免疫(接种疫苗)或被动免疫(血清疗法)的原始版本。动物免疫血清用于传染病治疗已有上百年的历史，德国科学家冯·贝林因此获得首枚诺贝尔生理学与医学奖。当前，康复患者血浆治疗新冠肺炎依然有效。这些疗法其实质是多克隆抗体药物。从1986 年美国食品药品监督管理局批准第1 个单克隆抗体药物迄今，全球上市的单抗药已有上100 个，广泛用于肿瘤、自身免疫性疾病、传染病等各类疾病的治疗。近十年来，全球最畅销的十大药物中，抗体药物每每占据半壁甚至更多江山。阿达木单抗常年蝉联最畅销药物之首，年度销售额近200 亿美元。因此，开发单抗药物，为国为民，不仅缓解人类病痛，还能推动社会经济发展。

虽然开发单抗药物的成功率高于传统化学药物，但仍是万里挑一。近年来，抗体可开发性预测已成为生物信息学研究的一个热点。早期预测抗体可开发性可减少研发成本，加快研发进程，降低市场价格，利国利民。该领域的经典研究是所谓的可开发性指数(DI)计算，相应方法已整合到价格不菲的DS 软件平台中。然而，贵不见得好。该方法基于同源建模得到的抗体结构，运算速度慢，结果也常不靠谱。这篇论文基于抗体序列，绕过结构，直接预测抗体的交叉或自身相互作用，而这些互作会直接影响抗体的可开发性。……