基于GEO数据库对儿童哮喘急性发作靶基因的生物信息学分析
2021-03-19刘璐佳景伟超王有鹏
生命科学研究 2021年1期
张 迪,姜 凡,刘璐佳,景伟超,王有鹏*
(1.黑龙江中医药大学第二临床医学院,中国黑龙江哈尔滨150040;2.黑龙江中医药大学附属第二医院,中国黑龙江哈尔滨150001)
哮喘是儿童中常见的非传染性慢性疾病之一,以反复发作的气道阻塞和支气管痉挛为主要特征,急性发作阶段诸症状对儿童的身心影响十分严重。儿童哮喘与遗传因素和过敏性因素关系密切。随着全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)和后续验证研究的不断深入,一些与儿童哮喘相关的遗传风险变体已被确定,如首项关于哮喘的GWAS分析发现,17q12号染色体上的ORMDL3/GSDMA位点与儿童哮喘发病密切相关[1]。但GWAS存在一定的局限性,如Weiss等[2]的分析结果仅解释了哮喘风险变异的适度比例。虽然也有DNA甲基化与儿童哮喘的相关报道[3],但差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)与儿童哮喘急性发作之间的关系尚不明确。因此,探索哮喘急性发作患儿与健康儿童之间的DEGs,可为更好地理解易感性个体为何以及如何发展过敏性疾病提供基础,对探寻疾病的治疗新靶标具有重要意义。
本研究拟利用R软件包及生物信息学分析工具对哮喘急性发作患儿与健康儿童的基因表达谱数据进行分析,筛选出与儿童哮喘急性发作相关的DEGs,探讨儿童哮喘急性发作的关键基因及可能的病理机制,以期为儿童哮喘急性发作的预防及诊疗提供新视角和新思路。
1 材料与方法
1.1 材料
本研究拟对近一年哮喘急性发作儿童的基因表达数据进行分析,故数据集筛选流……
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