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烟草HPL基因的生物信息学分析与抗逆功能分析

2021-03-15杨立均鲁雅雯金维环郭红祥

河南农业科学 2021年2期
关键词:烟株脯氨酸活性氧

杨立均,鲁雅雯,丁 超,金维环,郭红祥

(1.河南省烟草公司 驻马店市公司,河南 驻马店 463000;2.河南农业大学 生命科学学院,河南 郑州450002)

脂氢过氧化物裂解酶(HPL)是一类膜结合的血红素-铁硫蛋白,属于细胞色素P450(CYP74)蛋白家族[1]。HPL参与植物体内脂氧合途径,是脂氧合酶(LOX)下游的一个关键酶,可将LOX催化形成的氢过氧化脂肪酸裂解形成含氧酸和短链挥发性醛类[2-3]。依据催化底物的过氧基位置不同,HPL被划分为3类同工酶,第1类同工酶(也命名为13-HPL)特异催化13位过氧基断裂,第2类同工酶(9-HPL)催化9位过氧基断裂,第3类同工酶(9/13-HPL)催化9位或13位过氧基断裂[4]。这3类同工酶在植物种类中有不同的分布,如杏和梨中含有9-HPL基因,烟草、番茄、拟南芥等植物中含有13-HPL基因,黄瓜、水稻中含有9/13-HPL基因[5]。

自从第1个HPL基因从甜椒中克隆出来,人们陆续从拟南芥、甜瓜等多种植物中得到HPL基因的cDNA序列,对HPL基因的研究也逐渐加深。13-HPL蛋白具有细胞色素P450家族的普遍特征:结构域A(I-螺旋区)在酶与底物相互作用中起作用,结构域D为血红素结合区;N-端具有由15~20个疏水氨基酸组成的跨膜信号序列。HPL参与植物生长发育的众多过程,其催化产物是植物特异气味的成分,如C6和C9挥发物对果蔬气味非常重要,C6醛与植物青草气味有关,C9醛则会增加浓郁的香味。黄瓜中的主要风味物质如烯醛、烯醇、丙醛、己醛等均由HPL催化的代谢产生,枸橘中的HPL基因转入生菜后能够提高风味和品质[6-7]。目前,关于HPL的研究大多集中于改善植物风味方面[8-11],另外,有研究发现,干旱胁迫会增加黄瓜HPL基因的表达,因此,HPL在提高植物抗旱等抗逆性方面也将有较好的应用[7,12]。

烟草是一种重要的经济作物,其产量和品质一直被人们关注。干旱是影响烟草产量和品质的一个重要因子。干旱胁迫能导致烟株叶片活性氧积累、膜脂过氧化程度加剧,从而增加丙二醛(MDA)含量;同时烟株也会启动抗氧化防御系统,增强过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)等抗氧化酶的表达与活性,增加脯氨酸的积累,进而提高抗旱能力[13]。我国部分烟区常因连续干旱导致烟叶中香气物质含量减少,造成严重的经济损失。HPL催化生成的挥发性短链醛和含氧酸具有特殊气味,是影响烟草品质的重要指标;同时,HPL也被报道参与植物的干旱胁迫响应,故考虑通过调节烟草HPL的表达来提高烟草的品质和抗旱性。从烟草中克隆HPL基因(NtHPL),获得HPL基因的过表达烟株,并进行抗性功能研究,以期提高烟草抗逆性、减少逆境对烟草品质的影响,增加其经济价值。

1 材料和方法

1.1 菌株、载体及主要试剂

大肠杆菌(Escherichiacoli)DH5α感受态细胞、农杆菌GV3101感受态细胞、过表达载体pCAMBIA 1300均由河南省高等学校转基因植物基础与应用重点开放实验室保存。反转录试剂盒、DNA Marker、T4 DNA连接酶购于Takara公司,2×TaqPlus Master Mix购自Vazyme公司,DNA胶回收试剂盒、质粒提取试剂盒、产物纯化试剂盒购自上海生工生物工程股份有限公司,荧光定量试剂盒购于诺唯赞公司,限制性内切酶XbaⅠ和SmaⅠ购自Thermo Fisher公司,酵母粉、胰化蛋白胨购自Solarbio公司,其他均为国产分析纯试剂。引物由上海生工生物工程股份有限公司合成,测序由华大基因有限公司完成。

1.2 植物材料及处理

在大田烟草旺长期,选取生长状况良好的K326烟株,分别取根、茎、叶组织,液氮速冻后放于-80 ℃冰箱中保存,用于NtHPL组织表达特异性分析。

将野生型烟草K326和过表达NtHPL烟草种子播种育苗盘中,置于光照培养箱(26~28 ℃,相对湿度70%,光照16 h/黑暗8 h)中培养,至烟苗四叶期时移入花盆中(直径15 cm,高22 cm)。五叶期后,随机各选取长势相同的10株烟株,每株用200 mL 20% PEG-6000溶液进行干旱胁迫处理,24 h后取叶片检测MDA、脯氨酸含量以及POD、SOD活性。

选取长势一致的野生型K326烟株进行如下处理:对照组(喷施清水)、茉莉酸甲酯(MeJA)组(喷施4.0 mmol/L MeJA溶液)、乙烯利组(喷施4.0 mmol/L乙烯利溶液)、脱落酸(ABA)组(喷施0.1 mmol/L ABA水溶液)、水杨酸(SA)组(喷施2 mmol/L SA溶液)、机械损伤处理组(用剪刀剪伤叶片),24 h后取顶端第2片叶,液氮速冻后保存于-80 ℃冰箱,用于NtHPL表达分析。

1.3 方法

1.3.1 生物信息学分析 对克隆得到的烟草HPL基因序列用NCBI网站在线工具ORF Finder(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/)寻找开放阅读框;选择番茄(Lycopersiconesculentum)、拟南芥(Arabidopsisthaliana)、苜蓿(Medicagosativa)、树棉(Gossypiumarboreum)、辣椒(Capsicumannuum)、土豆(Solanumtuberosum)、黄瓜(Cucumissativus)、石榴(Psidiumguajava)、大麦(Hordeumvulgare)、玉米(Zeamays)、葡萄(Vitisvinifera)和大豆(Glycinemax)的HPL蛋白氨基酸系列, 运用DNAman软件与烟草HPL蛋白氨基酸进行序列比对,同时分析烟草HPL蛋白分子质量、等电点;采用Chlorop 1.1软件分析HPL的细胞定位[14]。用PSIPRED方法预测NtNPL蛋白的二级结构、信号肽和跨膜区[15],用蛋白质三级结构在线分析工具(https://web.expasy.org/protparam/)预测NtNPL蛋白的空间结构。

1.3.2 烟草HPL基因的克隆与转基因烟株的获得 按照Trizol法提取烟草叶片总RNA,按照反转录试剂盒说明书进行操作得到cDNA。根据HPL基因cDNA序列设计引物,上下游引物分别插入XbaⅠ和SmaⅠ酶切位点(下划线部分),引物序列:NtHPL-F:5′-GCTCTAGAATGTCCACAATAATGGCGAAAATGAT-3′;NtHPL-R:5′-TCCCCCGGGTCAACTGGCTTTTTTCACAGATGTGAT-3′。以cDNA为模板进行克隆。PCR循环条件:94 ℃预变性5 min;94 ℃变性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸92 s,共30个循环;72 ℃最终延伸10 min。

将纯化的PCR产物和pCAMBIA 1300载体进行XbaⅠ和SmaⅠ双酶切,回收目的基因片段和线性载体片段后用T4 DNA连接酶进行连接,连接条件为16 ℃过夜。将连接产物转化大肠杆菌DH5α感受态,经抗性筛选、菌液PCR验证,将阳性克隆扩大培养、提取质粒,冻融法转化农杆菌(GV3101)感受态细胞,36~48 h后挑取单克隆进行菌液PCR检测,将检测成功的菌液进行保菌。叶盘法转化K326烟草无菌苗获得转基因植株HPL-1300。

1.3.3 生理指标检测 MDA含量采用硫代巴比妥酸法(TBA)测定,SOD活性采用氮蓝四唑还原法测定,POD活性采用愈创木酚法测定,脯氨酸含量采用酸性茚三酮法测定[16-17]。

1.3.4 烟草HPL基因表达分析 烟草总RNA提取采用TRIzon试剂,以反转录得到的cDNA为模板,以烟草β-Actin(GenBank:AF126810)作为内参基因,使用美国BioRad公司实时荧光定量PCR仪检测HPL基因表达,每个样品设置3个重复,采用2-ΔΔCt算法进行基因表达水平分析。所用引物如下,NtActinF:CTGAGGTCCTTTTCCAACCA,R:TACCCGGGAACATGGTAGAG;NtHPLF:GTTTTGAGTTGTGGCAGCTA,R:GAGTATCACACAAGGGGGAG。

2 结果与分析

2.1 NtHPL基因的生物信息学分析

以反转录得到的cDNA为模板,以NtHPL-F、NtHPL-R为引物从烟草中克隆得到的NtHPLcDNA序列全长为1 494 bp(图1),利用NCBI上ORF Finder工具发现,该序列包含完整的开放阅读框,编码1个由497个氨基酸组成的蛋白质,分子质量为55.7 ku,等电点为8.41。将cDNA序列与NtHPL基因组DNA序列进行比对,发现编码区包含2个外显子(450 bp和1 044 bp)和1个内含子(10 938 bp)。采用Chlorop 1.1软件分析表明,NtHPL蛋白定位于叶绿体中,N-端含有叶绿体转运肽。图2显示NtHPL蛋白为跨膜蛋白,分别在299—319位和463—479位氨基酸有2个跨膜区,N-端含有21个氨基酸组成的信号肽。

1.DL2000 DNA Marker; 2.NtHPL

图2 NtHPL蛋白的信号肽与跨膜预测结果

图3显示NtHPL蛋白与其他物种的HPL蛋白序列比较结果,NtHPL蛋白具有细胞色素P450蛋白家族的普遍特征,在C-端具有4个保守的结构域A、B、C、D,结构域A主要在与底物相互作用中起重要作用,结构域D中含有13-HPL特有的NKQC序列,主要负责与血红素分子结合;在N-端有CYP74亚家族蛋白质的保守序列LPxRxIPGSYGxPxxGP。NtHPL蛋白还包含有与血红素分子以及血红素铁相互作用的保守氨基酸。从图4可以看出,NtHPL蛋白主要由α-螺旋结构组成。

Domain A、B、C、D是P450家族蛋白C-端的保守区;下划线表示P450家族CYP74亚家族在N-端的保守区;圆点表示与血红素分子相互作用的氨基酸;星号表示与血红素铁相互作用的半胱氨酸

下划线表示N-端信号肽,红色表示α-螺旋结构,黄色表示β-片层结构,灰色表示卷曲结构

2.2 NtHPL基因的表达分析

从图5可以看出,在烟草旺长期,NtHPL基因在叶中的表达量远远高于根和茎,表明该基因主要存在于叶中。机械损伤、MeJA和SA处理后,叶片NtHPL表达量明显提高,分别是对照的5.31、10.94、4.26倍,说明NtHPL响应机械损伤胁迫和MeJA信号。机械损伤能够产生茉莉酸(JA)信号,SA能诱导植物对病毒、真菌、细菌引起的病害产生抗性。有研究表明,植物发生机械损伤、病虫害时,绿叶挥发物的生成会增多,绿叶挥发物是由LOX和HPL共同作用生成,所以NtHPL与烟草的抗逆响应有关。乙烯、ABA和干旱处理后,叶片NtHPL表达量有不同程度的提高,分别是对照组的2.33、2.54、4.17倍,表明NtHPL与干旱等非生物胁迫及信号刺激响应有关。

A.烟草旺长期不同部位NtHPL的表达; B.NtHPL在逆境胁迫及激素类信号物质作用下的表达

2.3 NtHPL过表达烟株的获得

采用CTAB法提取叶片DNA,进行转基因烟株检测,由图6可以看出,在野生型K326中没有检测到条带,而转基因烟草中检测到1 622 bp的条带,表明NtHPL过表达载体成功转入K326中。从图6可以看出,NtHPL过表达烟株(HPL-1300)中HPL表达量明显上升,是K326的3.6倍,说明获得的NtHPL转基因烟株过表达效果较好。

1:DL2000 DNA Maker; 2:野生型K326; 3:NtHPL过表达烟株

2.4 NtHPL基因的抗旱功能初步分析

MDA是细胞膜脂过氧化的主要产物,常用来评价细胞膜的受伤害程度。图7显示,干旱处理后,野生型K326和转基因烟株的MDA含量都升高了,但野生型K326的MDA含量是NtHPL过表达烟株的近5倍,表明干旱胁迫造成K326烟株脂质过氧化程度明显高于转基因烟株,即转基因烟株具有更强的维持细胞膜稳定性的能力。脯氨酸是植物体细胞内重要的渗透调节物质,植物可通过积累游离脯氨酸防御干旱胁迫。图7显示,干旱胁迫能够增加烟株的脯氨酸含量,但转基因烟株HPL-1300的脯氨酸含量明显高于K326烟株,表明转基因烟株防御干旱胁迫的能力更强。POD和SOD是植物体内重要的抗氧化酶,它们能清除活性氧自由基,抑制膜脂过氧化,减轻逆境对细胞膜的伤害。图7显示,干旱处理后,野生型K326和转基因烟株HPL-1300的POD和SOD活性均有升高,但K326烟株中这2种酶的活性明显高于转基因烟株,分别是转基因烟株的1.8倍和2.2倍,表明转基因烟株中POD和SOD被诱导的程度低于野生型K326,即转基因烟株中的活性氧积累少,其抗旱能力大于K326烟株。

图7 干旱胁迫对烟株脯氨酸和MDA含量及抗氧化酶活性的影响

3 结论与讨论

脂肪酸代谢是植物生长发育中重要的代谢过程,HPL是脂氧合途径下游的酶,其催化产物是植物绿叶挥发物的主要成分,既可作为植物的气味物质又能作为信号分子参与植物的抗逆反应。大多数植物HPL蛋白的N-端都具有跨膜信号序列,但也存在较大差异。烟草HPL蛋白是一种13-HPL。研究表明,番茄13-HPL活性存在于叶绿体囊膜上,其N-端没有典型的叶绿体转运肽[18];BATE等[19]推测,拟南芥13-HPL的N端有叶绿体转运肽。本研究发现,烟草HPL蛋白主要表达在叶片部位,预测其N-端含有1个由21个氨基酸组成的叶绿体转运肽。HPL基因的表达受到众多胁迫因素的诱导,13-HPL催化的产物愈伤素是伤口愈合反应中的信号分子,能促使创伤的细胞和组织快速愈合[20-25]。本研究发现,除了干旱、ABA、SA等因素诱导NtHPL的表达外,机械伤害和MeJA都能显著提高NtHPL的表达水平,进一步表明NtHPL能参与烟草的伤口愈合反应过程。

干旱是我国烟草种植面临的一种严重的非生物胁迫因素,提高烟草抵抗非生物胁迫的能力一直是烟草栽培与育种的努力方向。当干旱胁迫发生时,植物因气孔关闭,限制了二氧化碳的摄取,使得光呼吸过程中电子传递受阻,从而产生大量活性氧和自由基,对植物细胞大分子和生物膜造成损害,增加脂质过氧化程度。植物体内存在维持活性氧与自由基平衡的一系列调节机制,抗氧化酶是清除体内活性氧的一类重要酶,植物可通过转录因子、蛋白质磷酸化等途径上调抗氧化酶的表达与活性,降低活性氧对植物的伤害[26-27]。植物HPL产物中的醛类不仅可通过还原反应清除多余的活性氧,而且醛类物质中与羰基直接相连的α-碳原子上具有较活泼的氢,能与受胁迫影响产生的活泼自由基结合,中止自由基的作用,从而阻止氧化的进行,起到了较强的抗氧化作用[28]。本研究发现,干旱胁迫后,过表达NtHPL烟草的脯氨酸含量明显高于非转基因对照烟株,而MDA含量、SOD和POD活性的变化则相反,表明NtHPL过表达能够提高烟株的抗干旱胁迫响应能力,降低干旱胁迫对烟株的伤害,但具体机制尚需进一步研究。

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