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基于DISCERN算法筛选影响肉鸡脂肪沉积的关键基因

2021-03-10翟祥云陈耀峰杜志强

中国兽医学报 2021年2期

翟祥云,陈耀峰,李 辉,杜志强*

(1.东北农业大学 动物科学技术学院,黑龙江 哈尔滨 150030;2.农业部鸡遗传育种重点实验室,黑龙江 哈尔滨 150030;3.黑龙江省教育厅动物遗传育种与繁殖重点实验室,黑龙江 哈尔滨 150030)

目前,肉鸡育种的目标不仅要提高肉鸡的生长速度,同时要降低肉鸡腹部脂肪以提高鸡肉品质,以满足人们不断提高的物质生活水平。基因的作用不是孤立的,而是作为复杂网络的一部分来执行各种细胞过程。包括脂肪沉积在内的许多脂肪相关问题都是由基因失调引起的,导致网络的摄动(拓扑变化)[1-3]。鸡腹部(内脏)脂肪的动态消化代谢、内分泌协调和脂肪细胞生成等是受多转录基因调节的一个复杂过程,构建目标性状驱动的相关基因网络是功能基因组学相关研究的主要问题[4-5]。对基于同一组织里的所有基因存在同一个复杂网络进行分析研究,本试验拟采用differential sparsE regulatory network(DISCERN)算法对高低脂2组7周龄肉鸡腹部脂肪的RNA测序转录组数据中的17 934个基因进行一一打分,根据得分高低及相关文献搜索推断其与脂肪沉积性状相关的重要程度,并筛选出影响肉鸡腹部脂肪沉积的关键基因。

1 材料与方法

1.1 数据及来源数据来源于NCBI GEO Series Accession #GSE42980。文献资料显示,该肉鸡来自法国努齐立国立农学研究所家禽研究所(本文简称法国肉鸡),根据腹脂量进行双向选择而得,根据基因型该肉鸡分为高脂鸡(fat line,FL)和低脂鸡(lean line,LL)。随机选取7周龄的FL和LL各4只,剥离腹部脂肪组织提取RNA,通过Illumina HiSeq 2000平台进行测序分析。……

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