非洲猪瘟病毒锁核酸探针荧光定量PCR检测方法的建立
2021-03-10郭怡德勾红潮卞志标孙铭飞蔡汝健蒋智勇楚品品徐民生杨东霞李春玲
李 艳,郭怡德,勾红潮,卞志标,孙铭飞,蔡汝健,宋 帅,蒋智勇,楚品品,徐民生,杨东霞,李春玲*
(1.广东省农业科学院 动物卫生研究所,广东 广州 510640;2.广东省畜禽疫病防治研究重点实验室,广东 广州 510640;3.农业农村部兽用药物与诊断技术广东科学观测实验站,广东 广州 510640)
1 材料与方法
1.1 供试病毒株ASFV SY18毒株、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪圆环病毒2型(PCV2)均由广东省畜禽疫病防治研究重点实验室保存。
1.2 主要试剂和仪器克隆载体pMD19-T vector、Ex Taq以及Premix Ex Taq(Probe qPCR)购自TaKaRa公司,其他试剂均购自国内生化试剂厂商。主要仪器有荧光定量PCR仪(LightCycler96)和紫外分光光度计(BioTek)。
1.3 引物和探针设计参考ASFV SY18毒株(MH713612)P72基因核苷酸序列设计特异性引物(P1、P2)和探针,用作实时荧光定量PCR的引物和探针,序列见表1。

表1 特异性引物和探针信息
1.4 标准质粒样品的制备含有ASFV SY18毒株P72基因序列的质粒标准品pMD19-T-ASFV-P72由本实验室构建,其中P72基因片段由生工生物(上海)工程股份有限公司合成。阳性质粒用紫外分光光度计测浓度和纯度,D260值定量浓度,并转换成拷贝数:拷贝数=浓度×阿伏伽德罗常数/(1个碱基对的平均相对分子质量×总长度),阿伏伽德罗常数为6.02×1023。已知拷贝数的重组质粒10倍梯度稀释后作为标准品,-20℃保存备用。
1.5 实时荧光定量PCR反应体系及条件优化采用20 μL反应体系,退火温度设置为58.0,58.5,59.0,59.5,60.0,60.5,61.0,61.5℃ 等8个温度梯度。反应体系:2×Premix Ex Tag 10 μL,P1 0.6 μL(0.3 μmol/L),P2 0.6 μL(0.3 μmol/L),探针0.3 μL(0.15 μmol/L),DNA模板1 μL,用ddH2O补充至20 μL。引物浓度200,300,400,500,600 nmol/L,探针浓度50,100,150,200,250 nmol/L,分别稀释5个浓度梯度。选取最低的Ct值。循环条件:预变性95℃10 min;95℃15 s,60℃ 30 s,扩增45个循环。
1.6 实时荧光定量PCR标准曲线的建立将……
