基于转录组测序的高原鼢鼠多态性微卫星标记筛选
2021-03-02刘倩倩谭宇尘姚宝辉康宇坤苏军虎
刘倩倩,谭宇尘,姚宝辉,康宇坤,苏军虎,3
(1.甘肃农业大学草业学院 / 草业生态系统教育部重点实验室 / 中—美草地畜牧业可持续发展研究中心, 甘肃 兰州 730070;2.甘肃农业大学—新西兰梅西大学草地生物多样性研究中心, 甘肃 兰州 730070;3.甘肃省祁连山草原生态系统野外科学观测研究站, 甘肃 兰州 730070)
微卫星DNA 也称为简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),通常是由1~6 个核苷酸重复单元构成的串联重复序列,在真核生物基因组中,微卫星DNA 绝大多数位于基因非编码区,但也存在于编码序列及外显子中[1-2]。微卫星具有分布广泛、高度多态性及共显性遗传等优点,已被广泛应用于确定种群间的遗传分化、估计种群结构和种群的遗传多样性研究中[3]。微卫星DNA 按照其来源可分为基因组SSR (genomic simple sequence repeat,gSSR)和表达序列标签SSR (expressed sequence tagssimple sequence repeat, EST-SSR)。与gSSR 相 比,EST-SSR 来源于DNA 的转录区域,其开发成本低、速度快,具有良好的物种间通用性且数量大等特点[4],已成为对缺少基因组数据信息的生物进行分子标记开发的有效方法之一。
高原鼢鼠(Eospalax baileyi)隶属于啮齿目鼹形鼠科鼢鼠亚科凸颅鼢鼠属,是青藏高原高寒草甸生态系统的特有种,它们的大部分活动均在地下洞穴系统中进行,主要依靠植物的地下贮存器官作为食物[5]。近年来,在自然因素和人为活动的影响下,高原鼢鼠的高密度种群加速了草地退化,危及青藏高原生态安全和区域经济的发展[6]。随着国家生态安全战略的实施,高原鼢鼠在高寒草甸生态系统中的有效管理备受重视,然而有效的防控工作不仅需要了解高原鼢鼠的生物学特性,还需要了解其种群生态作用和种群生态学等方面的知识[7]。……
