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羔羊瘤胃内容物微生物基因组DNA的提取方法比较

2021-02-24翁秀秀刘婷

甘肃农业大学学报 2021年6期
关键词:方法

翁秀秀,刘婷

(1.兰州大学草地农业科技学院,甘肃 兰州 730020;2.甘肃农业大学动物科学技术学院,甘肃 兰州 730070)

幼龄反刍动物瘤胃发育与其健康和营养关系密切[1].瘤胃组织形态学发育[2-3],瘤胃发酵功能完善[4-5]和瘤胃微生物的定植[6]是衡量瘤胃发育的重要指标.其中,探讨瘤胃微生物区系的定植规律是当前幼龄反刍动物瘤胃发育的研究热点.16S rRNA测序技术已经成为一种普遍方法用于瘤胃微生物区系多样性的研究.前期研究发现,幼龄反刍动物刚出生时,瘤胃内是一个无菌的环境,出生后24 h,来自于初乳和环境的微生物在瘤胃内快速定植.变形菌被拟杆菌逐渐代替;第3天到第12天之间,瘤胃尚未发育成熟,但许多细菌组成的细菌群落已经能被检出,第9天到第15天之间,瘤胃微生物迅速定植,门水平变化的研究结果存在差异;从15 d开始,尽管一些微生物在属的相对丰度发生变化,但在门水平不再表现出明显的时间相关性[7-9].这些研究结果的差异大多归结于饲料组成和饲养方式的差异,却忽略了这些研究中瘤胃微生物基因组DNA提取方法不同引起结果出现差异的可能性.Yu等[10]提出瘤胃微生物群落结构的研究也受DNA提取方法的影响,也有学者研究证实了这一观点[11-12].目前提取瘤胃微生物基因组DNA的方法众多,其中对比成年反刍动物瘤胃微生物基因组DNA的方法也有相关报道[13-15],如隋昶生等[13]的结果表明,冻融法结合CTAB(十六烷基三甲基溴化胺)更适合提取崂山奶山羊瘤胃微生物总DNA;……

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