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头颈鳞癌预后相关差异表达LncRNAs 的筛选、ceRNA网络构建及生物学功能预测

2021-02-24吴丽芷申丽君黄茂凌祁承林杨蕊盛建飞陈始明

山东医药 2021年3期
关键词:生物学数据库差异

吴丽芷,申丽君,黄茂凌,祁承林,杨蕊,盛建飞,陈始明

武汉大学人民医院,武汉430060

头颈鳞癌(HNSCC)主要由舌癌、口腔癌、喉癌及鼻咽癌组成,是头颈部最常见的恶性肿瘤[1]。目前大多数HNSCC 患者的临床结局及长期生存率仍不高,5 年生存率为50%~60%[2]。因此,深入了解HNSCC 发生的分子机制并开辟特异的靶向治疗具有十分重要意义。长链非编码RNA(LncRNAs)是指长度超过200 个核苷酸的RNA 转录本,其不具备蛋白编码的潜力。随着高通量测序技术的发展,LncRNAs与包括恶性肿瘤在内的众多疾病的发病关系逐渐被认识[3]。越来越多的证据表明,LncRNAs在癌症的发生和发展中起着关键作用,如lncRNA BANCR在胃癌中高表达并与患者低生存率相关[4]。

近年研究表明,与其他恶性肿瘤相似,LncRNA和microRNAs(miRNAs)之间的相互作用也发生在HNSCC 中,并且其下游的一些靶基因已被证实与肿瘤的发生和发展密切相关。根据竞争性内源性RNA(ceRNA)假说[5],ceRNAs 通过竞争相同的miRNAs 响应元件[6]与mRNAs 进行通信。越来越多的研究发现,LncRNAs 作为ceRNAs 在HNSCC 的发生发展过程中发挥着重要作用[7]。2005年启动的癌症基因组图谱(TCGA)项目已经生成33 种癌症关键基因组变化的全面、多维的图谱,收集了11 000多例患者的相关临床数据。为数据挖掘和潜在生物标志物的识别提供了丰富的资源[8]。目前,LncRNA 与HNSCC的关系仍无定论。

本研究利用TCGA 中HNSCC 患者LncRNAs 测序数据,筛选出HNSCC 组织与对照组织中差异LncRNAs,并选出了有诊断价值且未被报道过的候选LncRNA,同时以候选LncRNA 为中心构建了ceRNA调控网络,并预测了其生物学功能。

1 材料与方法

1.1 数据来源 TCGA 数据库(https://cancerge‑nome.nih.gov/);……

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