张 春 赵小珍 庞承珂 彭门路 王晓东 陈 锋 张 维 陈 松 彭 琦 易 斌 孙程明,,* 张洁夫,* 傅廷栋

甘蓝型油菜千粒重全基因组关联分析

张 春1,2赵小珍1,2庞承珂1,2彭门路1,2王晓东2陈 锋2张 维2陈 松2彭 琦2易 斌3孙程明2,3,*张洁夫2,*傅廷栋3

1南京农业大学 / 作物遗传与种质创新国家重点实验室, 江苏南京 210095;2江苏省农业科学院经济作物研究所/农业农村部长江下游棉花与油菜重点实验室 / 中国江苏省现代作物生产协同创新中心, 江苏南京 210014;3华中农业大学植物科学技术学院 / 作物遗传改良国家重点实验室, 湖北武汉 430070

千粒重是油菜产量构成的重要因素之一。本研究利用高通量SNP芯片对496份具有代表性的油菜种质资源进行基因型分析, 考察群体在3个环境(14NJ、15TZ、16TZ)中的千粒重表型, 利用混合线性模型(mixed linear model, MLM)和一般线性模型(general linear model, GLM)进行全基因组关联分析。结果表明, 本群体在3个环境中千粒重的广义遗传力为63.12%。MLM模型检测到6个显著位点, 解释28.92%的表型变异; GLM模型检测到61个显著位点, 解释47.08%的表型变异。合并共同位点后得到62个显著位点, 联合解释47.31%的表型变异。这些位点分布在基因组所有染色体上, 在A07、A03和C06染色体上分别检测到数目最多的9、8和7个位点。其中效应最大的位点Bn-scaff_17526_1-p1066214位于C09染色体, 在MLM和GLM模型中表型贡献值分别为5.55%和15.26%。21个位点与前人报道的QTL重叠, 其中8个位点得到至少2个群体的验证。其余41个位点为新鉴定的位点, 其中多个位点效应高且在多环境中被检测到, 如位点Bn-A03-p560769、Bn-scaff_15743_1-p599416和Bn-scaff_15743_1-p590955等。在11个位点附近找到、、等拟南芥已报道千粒重基因的同源基因。……