急性心肌梗死不同类型标本的共同差异基因
2021-01-06傅庆华彭飞范文娟唐毅刘征宇郑昭芬颜素兰潘宏伟
傅庆华 彭飞 范文娟 唐毅 刘征宇 郑昭芬 颜素兰 潘宏伟
(湖南省人民医院 湖南师范大学附属第一医院 1心内科,湖南 长沙 410005;2检验科)
缺血性心脏病(IHD)死亡率不断上升〔1~3〕,据世界卫生组织(WHO)估计,到2020年将约有2 500万人死于IHD〔4〕。急性心肌梗死(AMI)是IHD中的急危重症,院内死亡率为6.7%~16.6%,再住院率5.28%~19.9%〔5~7〕,是冠心病的最大死因。AMI可导致心力衰竭、心源性休克、室壁瘤、栓塞等多种严重并发症,住院率高,并发症严重〔8〕。近年来,肌钙蛋白作为AMI的诊断指标获得了认可和推荐,但在如何早期预防和识别AMI的高危人群上仍然缺乏有力的方法。
人类基因表达谱汇编数据库(GEO)是一个开放的基因表达谱芯片上传数据库。近年来,随着基因表达谱的数据急速增长,目前已积累了一些AMI病例和对照组的基因芯片数据,但这些研究通常集中在一种特定类型的AMI相关样本中,并且缺乏临床验证的证据〔9〕,本研究在AMI不同类型样本中识别共同差异基因,更具普遍性意义,同时应用定量准确、重现性非常好的实时荧光定量PCR验证基因表达,更加可靠,并探讨这些基因表达差异的生物信息学意义,从而进一步扩充AMI分子致病机制基因方向的研究,为预防及诊治AMI提供新的依据。
1 材料与方法
1.1芯片生物分析
1.1.1获取基因表达谱数据 搜索美国国立生物技术信息中心(NCBI)GEO数据库,关键词为 “Acute myocardial infarction”,“AMI”,and “Gene expression profile”。如果满足以下两个要求的研究将被纳入:(1)既有AMI患者又有健康对照组;(2)有不同类型样本的基因表达分析。
1.1.2原始数据的预处理及差异基因筛选 芯片数据的统计分析采用专业软件(BRB-ArrayTools 4.3.2 Beta)进行;……
