2020年3月，《Journal of Experimental Botany》在线发表了华中农大园艺植物生物学教育部重点实验室叶志彪教授领衔的番茄团队题为“TomatoSD1, encoding a kinase interacting protein, is a major locus controlling stem development”的研究论文，该研究鉴定了调控番茄茎秆发育的关键基因SD1，并从遗传和进化角度解析了番茄茎秆发育的遗传基础及调控机制。

番茄茎秆的加粗不仅有利于增产，还能提高番茄的机械抗性，使其适应免搭架的轻简栽培，而目前对番茄等重要园艺作物茎秆发育调控的研究十分有限。

华中农大番茄研究团队发现，番茄茎粗与果实大小这一关键产量性状存在显著相关性。研究团队运用全基因组关联分析（GWAS）和基因功能分析等手段，定位到调控茎粗的主效位点SDR9（STEM DIAMETER REGULATOR ON CHROMOSOME 9），编码了一个激酶互作蛋白SD1（kinase interacting family protein）。研究表明，SD1主要在番茄茎秆的形成层部位表达，它通过调控次生韧皮部细胞的大小和数量来正向调控番茄茎秆发育。

SD1启动子中一个11-bp 插入缺失（indel_11）与番茄茎粗完全连锁，该位点的突变影响了该基因的表达，进而调控番茄茎秆发育。进化分析显示SD1 indel_11在番茄由樱桃番茄（CER）到现代大果番茄（BIG）的改良过程中受到人工选择，这证明该基因是导致番茄在遗传改良过程中茎秆变粗的遗传基础。研究团队依据SD1 indel_11多态性开发了共显性分子标记，用于生产中快速鉴定番茄茎粗性状。SD1基因鉴定及标记开发可用于高产优质番茄的分子育种，同时为培育适宜轻简化栽培新品种提供基因资源。