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基于TaqMan实时荧光PCR检测鲜肉及加工制品中的鸭源性成分

2020-10-20刘国强海小罗建兴

农业与技术 2020年14期
关键词:检出限灵敏度特异性

刘国强 海小 罗建兴

摘要:禽源性成分检测既可以预防禽流感又能分析肉类的掺假问题。本研究参考行业标准(SN/T 2727-2010),对鸭和其它12种不同源性动物DNA进行特异性检测;将鸭来源DNA模板原液进行梯度稀释确定其检出限,同时进行灵敏度实验和掺假实验;在加工制品中检测其适用性。结果表明:此引物和探针特异性强,只针对鸭有特异性扩增曲线,对其它12种动物源性无扩增曲线;当鸭模板DNA浓度为10fg·μL-1时,仍能检测到鸭源性,灵敏度可达到1%,同时可以很好地检测掺假;此引物和探针在加工制品中检测结果良好,适用于加工肉制品的检测。本实验通过所建立标准曲线y=-3.4554x+42.663,R2=0.9942,其PCR扩增效率为95%,可以有效地进行定量。同时利用灵敏度检测可以判断此方法的掺假检测能力较强。综上所述,本研究可以有效检测鸭源性的掺假问题,并能为标准提供一定的借鉴。

关键词:鸭源性成分;特异性;检出限;灵敏度;加工制品;定量检测

中图分类号:S-3

文献标识码:A

作者简介:刘国强(1994-),男,本科,研究实习员。研究方向:动物源性成分检测和转基因成分检测;通讯作者郭梁(1986-),男,博士,助理研究员。研究方向:动物源性成分检测和转基因成分检测以及微生物资源开发。

肉类是人们饮食中不可缺少的一部分,其含有多种营养物质(如蛋白质、脂肪以及微量元素等)[1,2]。目前在肉及肉制品的生产和运输中会时常发生一些掺假的问题[3-6],如将鸡、鸭肉(低价肉)掺杂到牛、羊肉(高价肉)中。动物源性检测技术针对上述问题,除了能保护消费者合法权益、维持市场公平交易机制,还能预防动物来源性疾病的传播(疯牛病、口蹄疫、牛海绵状脑病等)[7-10]。

目前,动物源性检测技术建立在对样品蛋白质、脂肪酸以及核酸等种属特异分子鉴别肉与肉制品的动物来源[11-15]。动物源性检测所涉及的技术手段包括电泳[16,17]、免疫组化[18,19]、质谱[20]、色谱[21]、聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction, PCR)[22,23]。因为脱氧核糖核酸(DNA)的热稳定性[24],使得以DNA为基础的PCR技术成为了检测动物源性检测主流技术[25,26]。其中,荧光染料(SYBR Green 或Eva Green)[27,28]和TaqMan探针[29,30]成为了PCR检测的主要技术。探针技术因为其种属特异性探针提高了实时荧光PCR的扩增效率和特异性,从而快速并且准确地得到检测结果。

本文参考行业标准(SN/T 2727-2010)[31],建立肉与肉制品中鸭源性成分的TaqMan实时荧光PCR检测方法,保证鸭源性成分的快速检测,规范食品市场。

1材料与方法

1.1样品准备

鲜肉及加工肉制品均购买于本地农贸市场,鲜肉包括鸭肉、羊肉、牛肉、猪肉、马肉、鹿肉、驴肉、兔肉、狗肉、鹌鹑肉、鸡肉、火鸡肉和鸽子肉。加工肉制品包括口口丫鸭翅根、口口丫蜜汁烤腿、金锣火腿肠、肉粒多火腿肠、尚清斋烤肠、蒙羊羊肉干、呼纳斯牛肉干。样品采集处理去除脂肪,并用灭菌水清洗,置于-20℃保存。

1.2试剂

TransStart Probe qPCR SuperMix (北京全式金生物技术有限公司);实时荧光定量PCR引物和探针合成(北京睿博兴科公司);Takara MiniBEST Universal基因组提取试剂盒(宝生物工程(大连)有限公司)。

1.3仪器

Eppendorf 5418R Centrifuge高速台式离心机(德国Eppendorf AG公司);Nanodrop 2000c 核酸蛋白测定仪(美国Thermo Fisher公司);7300plus实时荧光PCR扩增仪(美国ABI公司)。

1.4方法

1.4.1引物和探针

引物和探针均由北京睿博兴科公司合成。引物与探针序列如下表1。

1.4.2DNA提取

取1.1準备好的鲜肉和肉制品样品,利用Takara MiniBEST Universal基因组提取试剂盒其DNA,利用Nanodrop 2000c核酸蛋白分析仪测量其浓度,将母液稀释至100ng·μL-1左右,保存于-20℃。

1.4.3反应体系与反应条件

反应体系(总体积20μL):TransStart Probe qPCR SuperMix 10μL,左右引物各1μL,探针1μL,模板2μL,补ddH2O至20μL。

反应条件:95℃5min,1个循环;95℃5s,60℃30s,45个循环,在每次循环退火时收集荧光信号。

1.4.4特异性实验

分别取鸭、羊、牛、猪、马、鹿、驴、兔、狗、鹌鹑、鸡、火鸡和鸽子13种不同源性动物DNA模板进行鸭源性特异性分析实验。

1.4.5检出限检测实验

从100ng·μL-1的鸭肉模板DNA稀释液加灭菌ddH2O开始稀释,每1/10稀释1次,共稀释7次。分别为100ng·μL-1、10ng·μL-1、1ng·μL-1、0.1ng·μL-1、0.01ng·μL-1、0.001ng·μL-1、0.0001ng·μL-1、0.00001ng·μL-1的鸭肉模板DNA稀释液进行检出限检测实验。

1.4.6灵敏度和模拟掺假实验

将鸭肉DNA与羊肉DNA以一定比例混合,制成鸭肉DNA含量分别为1%、5%、10%、30%、70%、90%、95%、99%的混合DNA样品,进行模拟掺假检测实验,同时依照1.4.3反应体系对该方法的灵敏度进行分析,每次实验设3个平行。

1.4.7数据处理

利用Real-Time PCR Software 对结果进行扩增曲线和循环(Cycle threshold,Ct)的分析。每次实验结果都是3个平行实验的平均值±标准差表示。

2结果与分析

2.1特异性实验

将鸭、羊、牛、猪、马、鹿、驴、兔、狗、鹌鹑、鸡、火鸡、鸽子的模板DNA(如图1、表2所示),分别利用鸭的引物和探针进行实时荧光定量PCR实验,特异性扩增结果如图2所示,PCR扩增产物经过琼脂糖凝胶电泳处理之后如图3所示,产物条带均为单一条带,无非特异性扩增,说明引物和探针组合具有较高的特异性。由图2和表2可以看出,仅鸭的样品出现典型扩增曲线,Ct值为14.01±0.18(鸭肉样品1),13.92±0.35(鸭肉样品2),13.86±0.12(鸭肉样品3),13.78±0.43(鸭肉样品4),13.74±0.07(鸭肉样品5),其它12种动物(其它肉样:羊、牛、猪、马、鹿、驴、兔、狗、鹌鹑、鸡、火鸡和鸽子)均未有出现典型扩增曲线且Ct值均为0。

2.2检出限检测实验

通过鸭引物和探针对100ng·μL-1、10ng·μL-1、1ng·μL-1、0.1ng·μL-1、0.01ng·μL-1、0.001ng·μL-1、0.0001ng·μL-1、0.00001ng·μL-18个不同质量浓度梯度的样品DNA进行荧光定量PCR扩增实验。结果如图4所示和表3所示。由图4和表3可知,稀释至0.00001ng(即10fg)的鸭基因组DNA模板(3个平行实验)出现典型扩增曲线,Ct值为38.37±0.19;以扩增结果Ct<40时判定为确认检出,上述结果表明此探针已达到检出限度,说明鸭特异性引物和探针的检测限度可达到10fg。

2.3定量检测

利用100ng·μL-1、10ng·μL-1、1ng·μL-1、0.1ng·μL-1、0.01ng·μL-1、0.001ng·μL-1、0.0001ng·μL-1、0.00001ng·μL-1的鸭肉模板DNA稀释液,进行引物和探针的检测,制作鸭源性定量检测标准曲线,如图5所示。所得鸭的特异性探针的標准曲线为y=-3.4554x+42.663,R2=0.9942。由于PCR扩增效率E(%)=[10(-1/slope)-1]×100,其PCR扩增效率为95%,PCR效率的接受范围在90%~110%[32,33],对应于回归斜率在-3.1~-3.6,R2值≥0.98。综上所述,此方法具有较好的定量检测能力。

2.4灵敏度实验

因为鸭肉经常被掺杂到羊肉中,所以本实验通过鸭引物和探针对鸭组分DNA和羊组分DNA混合样(鸭组分含量分别为1%、5%、10%、30%、70%、90%、95%、99%)进行模拟掺假实验,结果如图6所示,具体数值如表4所示。由图6和表4可知,当混合DNA样品中鸭组分含量为1%时,出现典型的扩增曲线,Ct值为27.34±0.71。因为当混合DNA样品中鸭组分含量为1%时,3个平行中均出现典型的扩增曲线,所以可以证明此探针对鸭肉掺假羊肉检测效果明显,同时上述结果能充分证明此引物和探针具有较高的灵敏度。

2.5加工肉制品的检测

提取1.1中已处理好加工肉制品的DNA,进行实验。其扩增曲线结果和Ct值如表5和图7所示。

3讨论

与实时荧光PCR技术相比,普通PCR检测的普遍弱点就是耗时长[25-27],检测人员常常需要花费大量时间来对实验进行重复工作,而且一个实验结果通常都需要进行一系列实验才能得出。而实时荧光定量PCR由于添加了TaqMan探针和荧光信号,使得其灵敏度与特异性都高于普通PCR,特别是检测大批量样品时其优势尤为明显。实时荧光定量PCR不仅能够实时监测,同时得到检测的结果迅速,在1~2h就可以得到结果,而且结果简单直观,易于分析。

本研究通过出入境检验检疫行业标准(SN/T 2727-2010)合成检测鸭源性成分的引物和探针,通过实验探索了最佳的反应体系和反应条件。创新点在于基于行业标准,增加了特异性实验、检出限实验、模拟掺假实验和适用性实验,并且通过建立标准曲线来评价方法的定量检测能力。本研究对鸭、羊、牛、猪、马、鹿、驴、兔、狗、鹌鹑、鸡、火鸡和鸽子13种不同源性动物进行特异性实验。结果显示,只有鸭肉有特异性扩增,其它动物均没有;将鸭来源的DNA模板原液进行浓度梯度稀释,分别为100ng·μL-1、10ng·μL-1、1ng·μL-1、0.1ng·μL-1、0.01ng·μL-1、0.001ng·μL-1、0.0001ng·μL-1、0.00001ng·μL-1的鸭肉模板DNA稀释液进行检出限检测实验,检出限为10fg;建立标准曲线,其PCR扩增效率为95%,在90%~110%,标准曲线R2=0.9942≥0.98可以评价此引物和探针定量检测能力较好。同时还将鸭模板DNA与羊模板DNA按照1%、5%、10%、30%、70%、90%、95%、99%体积比例混合来模拟掺假实验。结果显示,鸭模板DNA体积比例为1%时仍可以检测到鸭源性,同时证明此引物和探针的灵敏度可达1%。通过实时荧光PCR在鸭翅根、蜜汁烤腿、金锣火腿肠、肉粒多火腿肠、尚清斋烤肠、蒙羊羊肉干、呼纳斯牛肉干进行适用性实验,只有在具有鸭源性的鸭翅根和蜜汁烤翅中才能检测到鸭源性,说明此引物和探针适用性较好。

本方法的检出限为10fg,在本研究中的引物和探针组合与已报道的研究相比具有较大的优势,同时检出限已超越了之前的研究[37-39]。林彦星等[40]建立了实时荧光定量PCR检测畜禽肉制品中的鸭源性成分,可检测到1.0pg鸭源DNA的存在;金萍等[41]基于鸭线粒体细胞色素Cytb基因建立了肉制品中鸭源性成分检测的Real-time PCR检测方法,检出限为8pg;史艳宇等[42]建立了一种快速、特异、灵敏的鸭源性成分检测方法,其检出限为1.0mg;张弛等[43]建立肉制品中鸭源性成分定性和定量检测的检出限达到1.78pg;张秀平等[44]设计可特异检测鸭肉成分的引物和探针,其检出限为1pg;程欣[45]建立了添加有扩增内标的用于检测食品中鸭肉成分的实时荧光PCR方法,可检出0.05ng的鸭DNA;董洋洋[46]建立了鉴别鸭肉单一成分的实时荧光PCR的方法检测快速准确,检出限可达0.2ng。上述研究的检出限均低于本研究。

綜上所述,此方法具有较强的特异性、较高的灵敏度和适用性广等特点。可以有效检测掺假,从而维护消费者权益和防止禽类疾病的传播,为推动肉类食品领域向透明化、标准化发展提供技术支持。

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(责任编辑 李媛媛)

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