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基于VAE 的编码DNA 载体阻断事件聚类分析与研究

2020-07-08魏梓轩周家乐

关键词:信号模型

魏梓轩, 周家乐

(华东理工大学信息科学与工程学院,上海 200237)

纳米孔道检测技术作为一种可用于单分子检测的有力工具,具有巨大的研究价值和应用潜力[1-4]。目前,纳米孔道已经被成功应用于DNA 测序[5]、蛋白质检测[6]、蛋白质折叠[7]等研究中。纳米孔道检测装置通常由纳米孔道及其连通的两部分电解质溶液组成,在外加电场的驱动下,待测物分子穿越纳米孔道时,使得流经纳米孔道的离子电流发生变化,进而形成特征阻断电流[8]。因此,待测物分子的穿越行为对离子电流产生的信号进行了调制,这些信号中包含了分子电性、尺寸和结构等特异性信息[3,9-10]。

待测物分子穿越纳米孔道产生的瞬时电流阻断为一次阻断事件。为识别这些事件,可以利用电流阈值的方法来实现[11]。然而,由于纳米孔道信号的信噪比较低,增加了后续特征提取和分析的困难。传统的数据分析方法主要提取事件持续时间和阻断幅值两个特征,通过研究其散点分布对待测物分子进行区分[12-13]。该方法往往依赖于纳米孔道对不同分析物的分辨率,具有一定的随机性。即使利用具有较高分子空间结构分辨率的纳米孔道,也难以完全对混合待测物散点分布中的每一个事件进行区分,因此,该数据分析方法对纳米孔道阻断事件的分辨率较低[14]。

文献[15]利用DNA 分子链作为蛋白质分子的载体,并在载体DNA 链上的不同位置加以哑铃型束夹修饰。镶嵌哑铃型束夹后,载体DNA 分子镶嵌部位的体积增大,在穿越孔道过程中会产生二级阻断事件。……

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