傅 奇, 林俊杰, 甘美裕, 卢源钦, 肖玉娟

16S与基因联合建树快速鉴定海水中的一株地衣芽胞杆菌

傅 奇, 林俊杰, 甘美裕, 卢源钦, 肖玉娟

(厦门华厦学院 环境与公共健康学院, 福建 厦门 361024)

在保守序列高度相似的细菌鉴定中, 单独使用16S rDNA/RNA序列进行比对和构建进化树通常无法准确鉴定到种, 需要增加测序基因数并对多基因进行分析。为实现快速鉴定, 课题组对16S与基因联合建树的方法进行了研究, 将海洋来源的一株杆菌, 分别用通用引物扩增16S和基因并测序, 在GeneBank进行序列比对后, 选择各菌种保藏中心16S和基因均相似的菌株, 取16S和基因序列, 采用Paup* 4.0构建进化树。使用16S与拼接序列构建的进化树中属于同一种的菌株均很好的聚合在一枝, 种间分枝自展值均高于98, 分类结构准确, 筛选得到的杆菌与地衣芽胞杆菌()聚合在一枝, 自展值为100, 鉴定为地衣芽胞杆菌。经生理生化试验验证, 该菌株与地衣芽胞杆菌特征完全一致, 使用16S和基因联合建树得到的鉴定结果准确且快速简便。

16S;; 进化树; 地衣芽胞杆菌 ()

芽胞杆菌()是一个重要的微生物类群, 包括枯草芽胞杆菌()、地衣芽胞杆菌()、凝结芽胞杆菌()、炭疽芽胞杆菌()、蜡样芽胞杆菌()等与发酵工业和生活密切相关的多个菌种[1]。其中地衣芽胞杆菌由于生物安全性好、产生多种功能性代谢产物, 在药品[2]、功能食品[3]、饲料[4]和发酵工业[5-7]得到广泛应用, 其中海洋来源的地衣芽胞杆菌在海水污染处理、新型生物活性物质开发方面具有重要潜力[8, 9]。……