安全评价是转基因作物商业化的必要条件，鉴定外源片段在基因组的插入位置其中重要的环节。热不对称交错PCR（Tail-PCR）和染色体步移（Genome Walking）技术是检测基因组侧翼序列的常用方法，而第二代测序技术（NGS）的快速发展为此提供了低成本高通量的鉴定方案。然而，基于PCR的方法和NGS技术难以识别复杂基因组序列的所有转基因事件插入位点、侧翼序列以及外源片段插入后的修饰或重排。

中国农科院王天宇团队利用农杆菌介导的方法将来源于高粱的外源基因SbSNAC1转入玉米，获得了耐旱转基因玉米株系SbSNAC1-382。Southern杂交表明SbSNAC1-382是一个双拷贝插入事件，两个拷贝可能被插入到基因组的同一位置。在使用染色体步移法和全基因组测序法（WGS）检测侧翼序列失败后，研究组采用单分子实时测序（single-molecule real-time，SMRT）技术成功鉴定出了外源片段的基因组侧翼序列。研究人员首先构建了转基因玉米基因组fosmid文库，该文库包含4.18×105个克隆，插入片段平均长度为35kb，覆盖玉米基因组的5.85倍;然后，用特异性引物筛选出3个阳性克隆，并用单分子实时测序技术对其中1个进行测序。研究人员将1.95Gb的测序数据（高达105倍覆盖率）与玉米基因组和转基因载体的序列进行比对，确定了转基因株系的插入位点，并用PCR扩增和Sanger测序进行了验证。最后結果表明，转基因玉米SbSNAC1-382的两个拷贝的外源T-DNA片段是整合在了5号染色体177155650～177155696位置处。

SMRT技术成功应用于复杂转化体插入位点和侧翼序列的鉴定，为转基因玉米的分子育种和安全评价提供了有效方案。