猪蓝耳病，即猪繁殖与呼吸综合征（Porcine reproductive and respiratory syndrome，PRRS），是由猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRS virus，PRRSV）引起的一种重要传染病，临床上主要表现为妊娠母猪的繁殖障碍、各种年龄阶段猪的呼吸道症状和死亡。该病在世界各养猪国家流行，给养猪业造成了巨大的经济损失。PRRSV 可分为两个基因型，即欧洲型PRRSV 和北美洲型PRRSV，又称为PRRSV-1 和PRRSV-2，二者基因组的核苷酸同源性约为60%。PRRSV-2 流行区主要为北美洲和亚洲，GenBank 中超过80%的PRRSV-2 基因组序列来自中国和美国。

PRRSV 具有复杂的遗传多样性，其中重组是PRRSV 的一个极为重要的遗传演化方式。已经有多篇报道在PRRSV-2 野毒株之间发生自然重组，在疫苗株和野毒株之间、不同疫苗株之间也发现了重组。研究表明，多数重组病毒株对仔猪具有较高的致病性，需要引起高度重视。虽然已有十余篇关于PRRSV-2 重组病毒株的报道，但似乎重组区域随机分布、无一定的规律可循。

为了发现PRRSV-2 重组的规律，国外学者曾对10 株PRRSV-2 进行重组位置统计，发现重组多发于ORF2-5、ORF7。国内学者将两株PRRSV-2 同时感染仔猪后，将不同时间点采集的血清进行病毒分离，经噬斑纯化后对ORF5、ORF3 和Nsp2 基因进行测序和分析，发现Nsp2 基因较ORF5 和ORF3 有更高的重组频率。

近期，中国农业科学院哈尔滨兽医研究所的研究人员对138 株2014 年～2018 年中美两国临床样品中的PRRSV-2 进行全基因组测序，并与GenBank 中2014 年～2018 年的PRRSV-2 全基因组序列（n=217）、1991 年～2013 年的全基因组序列（n=358）一起进行重组分析。发现在PRRSV-2 的各分支中，L1 分支相对而言更容易发生重组。美国PRRSV-2 的主要重组亲本一直以L1 分支病毒株为主，中国重组PRRSV 的主要亲本由以L8 分支病毒株为主，逐渐转变为L1分支为主。与1991 年～2013 年的病毒株相比，2014年～2018 年间的重组事件明显增加。2014 年～2018 年不同分支间PRRSV-2 的重组分布图统计显示，高频重组区域（指重组频率≥25%的区域，重组频率=重组发生次数/全部重组毒株总数×100%）为Nsp9、ORF2-ORF3。这两个区域编码蛋白RdRp 和GP2-GP3分别与PRRSV 的复制、受体吸附有关。推测高频重组区域集中在这两个区域，可能会导致重组PRRSV株具有较高复制效率、较强感染细胞能力的潜质。

重组是PRRSV 遗传变异的重要途径，加快了PRRSV 遗传演化的进程，不断涌现新的变异株。PRRSV-2 高频重组热点区域的发现，不仅有助于了解PRRSV 的重组规律，为深入研究PRRSV 重组机制提供重要的线索，也为开发更为安全的不易重组的新型疫苗株提供科学依据。